Добрый день,
Насчет файлов - UGENE может работать с нераспакованными данными, но, по факту, он просто самостоятельно их распакует, поэтому те же самые 120 Гб на диске вам потребуются. Кроме этого, UGENE будет распаковывать данные на каждый запуск схемы (если вы запустите несколько раз), так что, чтобы избежать этого, советую вам распаковать данные самостоятельно.
Насчет схемы - есть набор схем для выравнивания сырых данных, в Workflow Designer они во вкладке Samples все начинаются на Raw (используйте фильтр для поиска). Вы можете воспользоваться, например, Raw DNA-seq data processing. У схем есть мастер, который поможет вам настроить их, но если возникнут проблемы, то всегда обращайтесь.