Здравствуйте, Александр. На форуме есть русский раздел. Переместила Ваш пост в него, т.к. Вы попросили ответить по-русски.
Quote:I tried to find this topic in manual "UGENE Command Line Interface" (can't post link)
I found everything else, but exacly creating tree i did't find. Maybe i lost something?
Команды для построения филогенетических деревьей действительно представлены сейчас только в графическом интерфейсе.
Quote:I tried to make my own command by using "Creating Custom CLI Tasks", but it takes many time to study all of it.
Вы хотите использовать какой-то определённый инструмент для построения филогенетических деревьев? Какой именно? С помощью какой команды Вы его запускаете вне UGENE в командной строке?