Добрый день
Во вложении прикладываю вам схему для Дизайнера вычислительных схем. Откройте ее в UGENE, в самый первый элемент "Read Sequence" добавьте все последовательности, по которым вы хотите осуществить поиск (количество файлов не ограничено), а у элемента "Find Pattern" либо укажите вручную искомый паттерн (Pattern(s)), либо путь к последовательности с паттернами (Pattern file). После этого запустите схему и получите необходимый вам результат.