UGENE Forum
https://forum.ugene.net/forum/YaBB.pl
General Category >> Forum in Russian language ([ch1056][ch1091][ch1089][ch1089][ch1082][ch1086][ch1103][ch1079][ch1099][ch1095][ch1085][ch1099][ch1081] [ch1092][ch1086][ch1088][ch1091][ch1084]) >> Сквозной поиск по отдельным ридам
https://forum.ugene.net/forum/YaBB.pl?num=1607716408
Message started by OP on Dec 12th, 2020 at 2:53am

Title: Сквозной поиск по отдельным ридам
Post by OP on Dec 12th, 2020 at 2:53am
Уважаемые коллеги!
Имеется набор ридов. Как осуществить поиск коротких последовательностей сквозь все риды, не сливая все риды в один контиг. На выходе хотелось бы иметь перечень ридов, содержащих искомую последовательность.
Заранее спасибо за ответы.

Title: Re: Сквозной поиск по отдельным ридам
Post by Dmitrii Sukhomlinov on Dec 14th, 2020 at 2:29pm
Добрый день
Во вложении прикладываю вам схему для Дизайнера вычислительных схем. Откройте ее в UGENE, в самый первый элемент "Read Sequence" добавьте все последовательности, по которым вы хотите осуществить поиск (количество файлов не ограничено), а у элемента "Find Pattern" либо укажите вручную искомый паттерн (Pattern(s)), либо путь к последовательности с паттернами (Pattern file). После этого запустите схему и получите необходимый вам результат.
https://forum.ugene.net/forum/YaBB.pl?action=downloadfile;file=filter_by_subsequence.uwl (3 KB | 260 )

Title: Re: Сквозной поиск по отдельным ридам
Post by OP on Dec 21st, 2020 at 6:51pm
Дмитрий, спасибо за помощь!

UGENE Forum » Powered by YaBB 2.5 AE!
YaBB Forum Software © 2000-2010. All Rights Reserved.