UGENE Forum - Не ищет и не импортирует данные с сервера NCBI GenBank

Oct 11^th, 2024 at 5:44am

Choose Language:

	Welcome, Guest. Please Login or Register
	Welcome to our forum.

Home

Help

UGENE Forum › General Category › Forum in Russian language (Русскоязычный форум) › Не ищет и не импортирует данные с сервера NCBI GenBank

‹ Previous Topic | Next Topic ›

Pages: 1

Не ищет и не импортирует данные с сервера NCBI GenBank (Read 9564 times)

Oct 6^th, 2016 at 10:34pm

Vitaly Korchagin Offline
YaBB Newbies

Posts: 1

При попытке найти нуклеотидную последовательность по номеру в NCBI выдаёт ошибку. То же при попытке найти ген по имени и т.д.
Code:

[Ошибка][18:15] Задача {Скачать удаленные документы} завершена с ошибкой: Подзадача {Load remote document and add to project} завершена с ошибкой: Невозможно найти NC_001363 в базе данных NCBI GenBank (DNA sequence)
[Ошибка][18:18] Задача {Скачать удаленные документы} завершена с ошибкой: Подзадача {Load remote document and add to project} завершена с ошибкой: Невозможно найти NC_001363 в базе данных NCBI GenBank (DNA sequence)

Например при поиске гена GLA
Code:

[Ошибка][18:31] Задача {EntrezQueryTask} завершена с ошибкой: Parsing Entrez query result failed

Версия UGENE v1.24.2 64bit

IP Logged

Reply #1 - Oct 17^th, 2016 at 6:53pm

Olga Golosova Offline
YaBB Administrator

Posts: 338

Добрый вечер!

Обновитесь, пожалуйста, до последней версии UGENE 1.25. В ней это исправлено.

IP Logged

Reply #2 - Nov 1^st, 2016 at 5:49pm

Libertad Offline
YaBB Newbies

Posts: 2

Добрый день. Ситуация аналогичная. Ввожу в поиск к примеру FJ425731.1 и в результате программа не находит ничего. Версия программы 1.25
Скриншоты приложить не могу т.к не позволяет сайт. Можете помочь?

« Last Edit: Nov 1^st, 2016 at 7:34pm by Olga Golosova »

IP Logged

Reply #3 - Nov 1^st, 2016 at 8:17pm

Olga Golosova Offline
YaBB Administrator

Posts: 338

Добрый день.
Ответьте, пожалуйста, на несколько вопросов:
1) Воспроизводится ли ошибка все время или только иногда?
2) Какая у вас операционная система? Windows? 32-битная или 64?
3) Какой пакет UGENE вы используетет? Full?
4) Если у вас Windows, то используете ли вы различные аккаунты для разных пользователей?
5) Есть ли у вас администраторские права (т.е. запускается ли UGENE с администраторскими правами)?
6) Пробовали ли вы стирать настройки (Application Settings > Default settings > Reset settings to default on the next run, перезапустить программу)?

Дело в том, что NCBI недавно сменили протокол http на https. Соответствующие изменения были внесены в версию UGENE 1.25, однако иногда наблюдается такая вот нестабильность работы - данные то загружаются, то нет у некоторых пользователей.

Возможно, это связано с работами, все еще проводимыми на NCBI (соответствующие объявления появляются у них на сайте).

IP Logged

Reply #4 - Nov 3^rd, 2016 at 3:22am

Libertad Offline
YaBB Newbies

Posts: 2

Olga Golosova wrote on Nov 1^st, 2016 at 8:17pm:

Äîáðûé äåíü.
Îòâåòüòå, ïîæàëóéñòà, íà íåñêîëüêî âîïðîñîâ:
1) Âîñïðîèçâîäèòñÿ ëè îøèáêà âñå âðåìÿ èëè òîëüêî èíîãäà?
2) Êàêàÿ ó âàñ îïåðàöèîííàÿ ñèñòåìà? Windows? 32-áèòíàÿ èëè 64?
3) Êàêîé ïàêåò UGENE âû èñïîëüçóåòåò? Full?
4) Åñëè ó âàñ Windows, òî èñïîëüçóåòå ëè âû ðàçëè÷íûå àêêàóíòû äëÿ ðàçíûõ ïîëüçîâàòåëåé?
5) Åñòü ëè ó âàñ àäìèíèñòðàòîðñêèå ïðàâà (ò.å. çàïóñêàåòñÿ ëè UGENE ñ àäìèíèñòðàòîðñêèìè ïðàâàìè)?
6) Ïðîáîâàëè ëè âû ñòèðàòü íàñòðîéêè (Application Settings > Default settings > Reset settings to default on the next run, ïåðåçàïóñòèòü ïðîãðàììó)?

Äåëî â òîì, ÷òî NCBI íåäàâíî ñìåíèëè ïðîòîêîë http íà https. Ñîîòâåòñòâóþùèå èçìåíåíèÿ áûëè âíåñåíû â âåðñèþ UGENE 1.25, îäíàêî èíîãäà íàáëþäàåòñÿ òàêàÿ âîò íåñòàáèëüíîñòü ðàáîòû - äàííûå òî çàãðóæàþòñÿ, òî íåò ó íåêîòîðûõ ïîëüçîâàòåëåé.

Âîçìîæíî, ýòî ñâÿçàíî ñ ðàáîòàìè, âñå åùå ïðîâîäèìûìè íà NCBI (ñîîòâåòñòâóþùèå îáúÿâëåíèÿ ïîÿâëÿþòñÿ ó íèõ íà ñàéòå).

Добрый вечер.
1) Все время ошибка возникает. Вчера/позавчера и вот сегодня были точно. Работал месяцев 5 назад и с поиском все было нормально.
2) 64-битная Windows 10
3) Да скачивал и устанавливал Full пакет.
4-5) У меня только один профиль и запускаю с одного аккаунта. Да запускаю от админстратора.
6) Да пробовал и результата никакого.

На работе тоже предположили, что связано это с изменением протокола в NCBI. Поиск не работает также и у моих сотрудников. Специально подходил и проверял. Во всяком случае благодарю за оперативный ответ ))

« Last Edit: Nov 3^rd, 2016 at 5:24pm by Olga Golosova »

IP Logged

Reply #5 - Nov 3^rd, 2016 at 6:04pm

Olga Golosova Offline
YaBB Administrator

Posts: 338

Спасибо за отзыв! Мы еще с этим поразбираемся и напишем вам.

IP Logged

Reply #6 - Nov 24^th, 2016 at 5:22pm

Olga Golosova Offline
YaBB Administrator

Posts: 338

Добрый день!

У вас ведь уже была на компьютере установлена старая версия UGENE, когда вы установили последнюю? Попробуйте, пожалуйста, полностью переустановить программу (uninstall, install).

Это должно помочь. Проблема была в том, что одна библиотека в такой ситуации не обновлялась.

IP Logged

Pages: 1

‹ Previous Topic | Next Topic ›

« Home

‹ Board

Top of this page