UGENE Forum - Ошибка в базах данных BLAST

Oct 7^th, 2024 at 4:09pm

Choose Language:

	Welcome, Guest. Please Login or Register
	Welcome to our forum.

Home

Help

UGENE Forum › General Category › Forum in Russian language (Русскоязычный форум) › Ошибка в базах данных BLAST

‹ Previous Topic | Next Topic ›

Pages: 1

Ошибка в базах данных BLAST (Read 9143 times)

Nov 3^rd, 2015 at 11:46am

Nadezhda Offline
YaBB Newbies

Posts: 3

Здравствуйте, при попытке искать с помощью BLAST+ в созданных базах данных BLAST+ появляется ошибка [Ошибка][14:33] BLAST Database error: No alias or index file found for nucleotide database [D:\\contigs48] in search path [C:\Users\836D~1\AppData\Local\Temp\ugene_tmp\p2192\blast_plus\BlastPlus_100_03.11.2015_14.33.31.818_2192;;;]
[Ошибка][14:33] Задача {Run NCBI BlastAll multitask} завершена с ошибкой: BLAST Database error: No alias or index file found for nucleotide database [D:\\contigs48] in search path [C:\Users\836D~1\AppData\Local\Temp\ugene_tmp\p2192\blast_plus\BlastPlus_100_03.11.2015_14.33.31.818_2192;;;] с этими же файлами программа нормально работала, а потом перестала.

« Last Edit: Nov 9^th, 2015 at 2:21pm by Olga Golosova »

IP Logged

Reply #1 - Nov 3^rd, 2015 at 7:04pm

German Offline
Full Member

Posts: 118

Надежда, у нас пока не получилось повторить подобную проблему. Какую версию UGENE вы используете? Какого размера база данных, которую вы используете? Возможно ли как-то переслать ее нам, чтобы мы могли попробовать воспроизвести проблему? Если нет, то можете хотя бы перечислить названия всех файлов "D:/contigs48..." со всеми расширениями (.nin, .pin, .nsq, ...), которые есть у вас в папке?

IP Logged

Reply #2 - Nov 5^th, 2015 at 7:08am

Nadezhda Offline
YaBB Newbies

Posts: 3

Добрый день! Версия программы 1.18.0 64 бит. Файл из которого делаю базу данных большого размера отправить наверное не смогу размер файла 278 568 КБ. Файлы базы данных которые получаются contigs24.phr, contigs24.pin, contigs24.psq, contigs24MakeBLASTDB

« Last Edit: Nov 9^th, 2015 at 2:22pm by Olga Golosova »

IP Logged

Reply #3 - Nov 9^th, 2015 at 1:16pm

German Offline
Full Member

Posts: 118

Надежда, у нас никак не получается повторить эту проблему. Вы говорите, что раньше программа работала с этими же данными, а затем перестала. Могло ли случиться так, что файлы с базой данных были изменены/повреждены? У вас есть возможность создать базу данных заново?

Все-таки было бы отлично, если бы вы отправили нам файлы базы. Вы можете прислать их по почте? Если вы пользуетесь list.ru, то при отправке можно задействовать Облако mail.ru, чтобы отправлять файлы любых размеров. Адрес проекта: ugene@unipro.ru

« Last Edit: Nov 9^th, 2015 at 2:16pm by German »

IP Logged

Reply #4 - Nov 10^th, 2015 at 1:04pm

Nadezhda Offline
YaBB Newbies

Posts: 3

Добрый день, создаю заново базы данных и всё повторяется. Отправила вам файлы.

IP Logged

Reply #5 - Nov 10^th, 2015 at 1:30pm

German Offline
Full Member

Posts: 118

Надежда, письмо получили, спасибо! Попробуем повторить.

IP Logged

Reply #6 - Nov 16^th, 2015 at 12:47pm

German Offline
Full Member

Posts: 118

Надежда, получилось разобраться с проблемой. База данных BLAST, которую вы создали - аминокислотная (расширения файлов начинаются на букву p: .phr, .pin, .psq). И вы ищете в этой базе данных нуклеотидную последовательность. Из-за этого и происходят ошибки.

Вообще, так можно делать (искать нуклеотидные последовательности в аминокислотной базе данных), но для этого нужно выбирать другой алгоритм BLAST - blastx (по умолчанию в диалоге поиска выбран blastn).

Но файл "contigs64.txt", из которого создана база, сожержит нуклеотидные последовательности, а значит и базу данных BLAST вам нужно создать нуклеотидную. Для этого в диалоге создания базы есть выбор (показано на картинке). Попробуйте пересоздать базу данных с новым параметром и, пожалуйста, сообщите нам о результате.

2015-11-16_114141.png (11 KB | 537 )

IP Logged

Pages: 1

‹ Previous Topic | Next Topic ›

« Home

‹ Board

Top of this page