UGENE Forum
https://forum.ugene.net/forum/YaBB.pl
General Category >> Forum in Russian language ([ch1056][ch1091][ch1089][ch1089][ch1082][ch1086][ch1103][ch1079][ch1099][ch1095][ch1085][ch1099][ch1081] [ch1092][ch1086][ch1088][ch1091][ch1084]) >> Ошибка в базах данных BLAST
https://forum.ugene.net/forum/YaBB.pl?num=1446525974

Message started by Nadezhda on Nov 3rd, 2015 at 11:46am

Title: Ошибка в базах данных BLAST
Post by Nadezhda on Nov 3rd, 2015 at 11:46am
Здравствуйте, при попытке искать с помощью BLAST+ в созданных базах данных BLAST+ появляется ошибка Ошибка[14:33] BLAST Database error: No alias or index file found for nucleotide database [D:\\contigs48] in search path [C:\Users\836D~1\AppData\Local\Temp\ugene_tmp\p2192\blast_plus\BlastPlus_100_03.11.2015_14.33.31.818_2192;;;]
Ошибка[14:33] Задача {Run NCBI BlastAll multitask} завершена с ошибкой: BLAST Database error: No alias or index file found for nucleotide database [D:\\contigs48] in search path [C:\Users\836D~1\AppData\Local\Temp\ugene_tmp\p2192\blast_plus\BlastPlus_100_03.11.2015_14.33.31.818_2192;;;] с этими же файлами программа нормально работала, а потом перестала.

Title: Re: Ошибка в базах данных BLAST
Post by German Grekhov on Nov 3rd, 2015 at 7:04pm
Надежда, у нас пока не получилось повторить подобную проблему. Какую версию UGENE вы используете? Какого размера база данных, которую вы используете? Возможно ли как-то переслать ее нам, чтобы мы могли попробовать воспроизвести проблему? Если нет, то можете хотя бы перечислить названия всех файлов "D:/contigs48..." со всеми расширениями (.nin, .pin, .nsq, ...), которые есть у вас в папке?

Title: Re: Ошибка в базах данных BLAST
Post by Nadezhda on Nov 5th, 2015 at 7:08am
Добрый день! Версия программы 1.18.0 64 бит. Файл из которого делаю базу данных большого размера отправить наверное не смогу размер файла 278 568 КБ. Файлы базы данных которые получаются contigs24.phr, contigs24.pin, contigs24.psq, contigs24MakeBLASTDB

Title: Re: Ошибка в базах данных BLAST
Post by German Grekhov on Nov 9th, 2015 at 1:16pm
Надежда, у нас никак не получается повторить эту проблему. Вы говорите, что раньше программа работала с этими же данными, а затем перестала. Могло ли случиться так, что файлы с базой данных были изменены/повреждены? У вас есть возможность создать базу данных заново?

Все-таки было бы отлично, если бы вы отправили нам файлы базы. Вы можете прислать их по почте? Если вы пользуетесь list.ru, то при отправке можно задействовать Облако mail.ru, чтобы отправлять файлы любых размеров. Адрес проекта: ugene@unipro.ru

Title: Re: Ошибка в базах данных BLAST
Post by Nadezhda on Nov 10th, 2015 at 1:04pm
Добрый день, создаю заново базы данных и всё повторяется. Отправила вам файлы.

Title: Re: Ошибка в базах данных BLAST
Post by German Grekhov on Nov 10th, 2015 at 1:30pm
Надежда, письмо получили, спасибо! Попробуем повторить.

Title: Re: Ошибка в базах данных BLAST
Post by German Grekhov on Nov 16th, 2015 at 12:47pm
Надежда, получилось разобраться с проблемой. База данных BLAST, которую вы создали - аминокислотная (расширения файлов начинаются на букву p: .phr, .pin, .psq). И вы ищете в этой базе данных нуклеотидную последовательность. Из-за этого и происходят ошибки.

Вообще, так можно делать (искать нуклеотидные последовательности в аминокислотной базе данных), но для этого нужно выбирать другой алгоритм BLAST - blastx (по умолчанию в диалоге поиска выбран blastn).

Но файл "contigs64.txt", из которого создана база, сожержит нуклеотидные последовательности, а значит и базу данных BLAST вам нужно создать нуклеотидную. Для этого в диалоге создания базы есть выбор (показано на картинке). Попробуйте пересоздать базу данных с новым параметром и, пожалуйста, сообщите нам о результате.

2015-11-16_114141.png (11 KB | 409 )

UGENE Forum » Powered by YaBB 2.5 AE!
YaBB Forum Software © 2000-2010. All Rights Reserved.