При попытке найти нуклеотидную последовательность по номеру в NCBI выдаёт ошибку. То же при попытке найти ген по имени и т.д.

Code:

Ошибка[18:15] Задача {Скачать удаленные документы} завершена с ошибкой: Подзадача {Load remote document and add to project} завершена с ошибкой: Невозможно найти NC_001363 в базе данных NCBI GenBank (DNA sequence) Ошибка[18:18] Задача {Скачать удаленные документы} завершена с ошибкой: Подзадача {Load remote document and add to project} завершена с ошибкой: Невозможно найти NC_001363 в базе данных NCBI GenBank (DNA sequence)

Например при поиске гена GLA

Code:

Ошибка[18:31] Задача {EntrezQueryTask} завершена с ошибкой: Parsing Entrez query result failed

:'(
Версия UGENE v1.24.2 64bit

Добрый вечер!

Обновитесь, пожалуйста, до последней версии UGENE 1.25. В ней это исправлено.

Добрый день. Ситуация аналогичная. Ввожу в поиск к примеру FJ425731.1 и в результате программа не находит ничего. Версия программы 1.25
Скриншоты приложить не могу т.к не позволяет сайт. Можете помочь?

Добрый день.
Ответьте, пожалуйста, на несколько вопросов:
1) Воспроизводится ли ошибка все время или только иногда?
2) Какая у вас операционная система? Windows? 32-битная или 64?
3) Какой пакет UGENE вы используетет? Full?
4) Если у вас Windows, то используете ли вы различные аккаунты для разных пользователей?
5) Есть ли у вас администраторские права (т.е. запускается ли UGENE с администраторскими правами)?
6) Пробовали ли вы стирать настройки (Application Settings > Default settings > Reset settings to default on the next run, перезапустить программу)?

Дело в том, что NCBI недавно сменили протокол http на https. Соответствующие изменения были внесены в версию UGENE 1.25, однако иногда наблюдается такая вот нестабильность работы - данные то загружаются, то нет у некоторых пользователей.

Возможно, это связано с работами, все еще проводимыми на NCBI (соответствующие объявления появляются у них на сайте).

Olga Golosova wrote on Nov 1^st, 2016 at 8:17pm:

Äîáðûé äåíü. Îòâåòüòå, ïîæàëóéñòà, íà íåñêîëüêî âîïðîñîâ: 1) Âîñïðîèçâîäèòñÿ ëè îøèáêà âñå âðåìÿ èëè òîëüêî èíîãäà? 2) Êàêàÿ ó âàñ îïåðàöèîííàÿ ñèñòåìà? Windows? 32-áèòíàÿ èëè 64? 3) Êàêîé ïàêåò UGENE âû èñïîëüçóåòåò? Full? 4) Åñëè ó âàñ Windows, òî èñïîëüçóåòå ëè âû ðàçëè÷íûå àêêàóíòû äëÿ ðàçíûõ ïîëüçîâàòåëåé? 5) Åñòü ëè ó âàñ àäìèíèñòðàòîðñêèå ïðàâà (ò.å. çàïóñêàåòñÿ ëè UGENE ñ àäìèíèñòðàòîðñêèìè ïðàâàìè)? 6) Ïðîáîâàëè ëè âû ñòèðàòü íàñòðîéêè (Application Settings > Default settings > Reset settings to default on the next run, ïåðåçàïóñòèòü ïðîãðàììó)? Äåëî â òîì, ÷òî NCBI íåäàâíî ñìåíèëè ïðîòîêîë http íà https. Ñîîòâåòñòâóþùèå èçìåíåíèÿ áûëè âíåñåíû â âåðñèþ UGENE 1.25, îäíàêî èíîãäà íàáëþäàåòñÿ òàêàÿ âîò íåñòàáèëüíîñòü ðàáîòû - äàííûå òî çàãðóæàþòñÿ, òî íåò ó íåêîòîðûõ ïîëüçîâàòåëåé. Âîçìîæíî, ýòî ñâÿçàíî ñ ðàáîòàìè, âñå åùå ïðîâîäèìûìè íà NCBI (ñîîòâåòñòâóþùèå îáúÿâëåíèÿ ïîÿâëÿþòñÿ ó íèõ íà ñàéòå).

Добрый вечер.
1) Все время ошибка возникает. Вчера/позавчера и вот сегодня были точно. Работал месяцев 5 назад и с поиском все было нормально.
2) 64-битная Windows 10
3) Да скачивал и устанавливал Full пакет.
4-5) У меня только один профиль и запускаю с одного аккаунта. Да запускаю от админстратора.
6) Да пробовал и результата никакого.

На работе тоже предположили, что связано это с изменением протокола в NCBI. Поиск не работает также и у моих сотрудников. Специально подходил и проверял. Во всяком случае благодарю за оперативный ответ ))

Спасибо за отзыв! Мы еще с этим поразбираемся и напишем вам.

Добрый день!

У вас ведь уже была на компьютере установлена старая версия UGENE, когда вы установили последнюю? Попробуйте, пожалуйста, полностью переустановить программу (uninstall, install).

Это должно помочь. Проблема была в том, что одна библиотека в такой ситуации не обновлялась.