Здравствуйте, Владимир!
Quote:Делаю схему: Генерация случайной ДНК -> Поиск корректной пары праймеров. Длинна генерируемой ДНК 10000 п.о. В результате работы выдаётся предупреждение, что корректных пар праймеров не найдено. Такого не может быть.
Проблема тут в том, что данный элемент принимает на вход не одну последовательность, а уже существующие пары праймеров (то есть мультифасту c праймерами в формате left_primer_1, right_primer_1, left_primer_2, right_primer_2 и т.д.). На выходе остаются только пары праймеров, прошедшие проверку (пара не образует димеров и т.п.).
Чтобы
найти праймеры с задаными параметрами Вы можете открыть сгенерированную последовательность в редакторе последовательностей и
воспользоваться Primer3.
Quote:Второй вопрос, каким образом можно изменить параметры элемента "Поиск корректной пары праймеров", имеется ввиду температура отжига праймеров, GC состав и т.д.?
Это возможно в случае, когда Вы используете описанный выше Primer3. В случае элемента "Поиск корректной пары праймеров" это пока невозможно.
Я создала несколько задачек у нас в трекере:
-
Улучшить описание элемента, чтобы было понятнее как его использовать.
-
Добавить новый элемент Primer3 в дизайнер вычислительных схем.
-
Добавить больше параметров элементу поиска корректных пар.
Однако, хочу заметить, что пока эти задачи имеют для нас средний приоритет, то есть скорее всего в ближайшие новые версии программы не попадут. Если Вам требуется добавить какие-нибудь из этих улучшений быстро, Вы можете воспользоваться сервисом коммерческой поддержки в UGENE.
Home
Pages: 1
