Добрый день, Юрий.

Спасибо за вопрос. Оригинальная программа не имеет Windows версии, и разработчики предлагаю своим пользователям ставить виртуальную машину и на ней запускать T-Coffee. Мы пока портировали программу только для 32-битную систему, для 64-битной и более новой версии имеется задача в баг трекере.

Про многопоточность разработчики программы пишут, что она должна работать по умолчанию. Возможно при портировании на Windows мы упустили этот момент. Я создал соответствующую задачу в трекере.

Хотелось бы поитересоваться, что вы выравниваете? (какое количество и длинна последовательностей)