UGENE Forum - Сайты рестрикции только в выделенном регионе?

Jul 24^th, 2014 at 4:55am

Ilya Flyamer Offline
Full Member

Gender:
Posts: 126

Можно ли как-то искать сайты рестрикции только в определенном небольшом участке последовательности? А то надо найти хоть какую-нибудь рестриктазу, режущую где-то в определенном районе.

Back to top

IP Logged

Reply #1 - Jul 24^th, 2014 at 1:44pm

Olga Golosova Offline
YaBB Administrator

Posts: 338

Илья, Вы не могли бы объяснить почему возникла необходимость искать сайты рестрикции именно в каком-то регионе. По идее поиск же довольно быстрый, даже на всю последовательность. Почему нельзя поискать на всей последовательности и посмотреть, что находится в каком-то определенном регионе?

Back to top

IP Logged

Reply #2 - Jul 24^th, 2014 at 6:17pm

Ilya Flyamer Offline
Full Member

Gender:
Posts: 126

Да, можно в принципе, но если последовательность длинная, то получится очень много аннотаций от разных ферментов, не очень удобно...

Back to top

IP Logged

Reply #3 - Jul 25^th, 2014 at 5:18pm

Olga Golosova Offline
YaBB Administrator

Posts: 338

Тут надо будет подумать, как сделать это правильней/удобней. Завела UGENE-3267.

Back to top

IP Logged

Reply #4 - Jul 25^th, 2014 at 8:28pm

Ilya Flyamer Offline
Full Member

Gender:
Posts: 126

Спасибо! По-моему, правильнее всего в диалогом окне выбора рестриктаз и т.п. добавить варианты Искать во всей последовательности, Искать в выделенном участке, Указать координаты для поиска.

Back to top

IP Logged

Reply #5 - Jul 25^th, 2014 at 8:35pm

Olga Golosova Offline
YaBB Administrator

Posts: 338

Был запрос от пользователей про Exclude региона. Поэтому, собственно, сейчас такая возможность есть в диалоге.

Back to top

IP Logged

Reply #6 - Jul 26^th, 2014 at 2:08am

Ilya Flyamer Offline
Full Member

Gender:
Posts: 126

Да, exclude есть, кстати, это правда. Это надо оставить.

Back to top

IP Logged

Reply #7 - Jul 28^th, 2014 at 3:00pm

Olga Golosova Offline
YaBB Administrator

Posts: 338

Тогда, видимо, имеет смысл иметь возможность деталь exclude нескольких регионов? Или это не принципиально?

Back to top

IP Logged

Reply #8 - Jul 28^th, 2014 at 6:06pm

Ilya Flyamer Offline
Full Member

Gender:
Posts: 126

Да, конечно, это тоже можно сделать, но часто было бы удобнее просто выделить нужный регион, а потом найти сайты именно в нем.
Как по мне, так чем больше вариантов, тем лучше, лишь бы это не сказывалось на стабильности и скорости работы.

Back to top

IP Logged

Reply #9 - Jul 28^th, 2014 at 6:47pm

Olga Golosova Offline
YaBB Administrator

Posts: 338

Понятно.

Back to top

IP Logged

	Welcome, Guest. Please Login or Register
	Welcome to our forum.