Можно ли как-то искать сайты рестрикции только в определенном небольшом участке последовательности? А то надо найти хоть какую-нибудь рестриктазу, режущую где-то в определенном районе.

Илья, Вы не могли бы объяснить почему возникла необходимость искать сайты рестрикции именно в каком-то регионе. По идее поиск же довольно быстрый, даже на всю последовательность. Почему нельзя поискать на всей последовательности и посмотреть, что находится в каком-то определенном регионе?

Да, можно в принципе, но если последовательность длинная, то получится очень много аннотаций от разных ферментов, не очень удобно...

Тут надо будет подумать, как сделать это правильней/удобней. Завела UGENE-3267.

Спасибо! По-моему, правильнее всего в диалогом окне выбора рестриктаз и т.п. добавить варианты Искать во всей последовательности, Искать в выделенном участке, Указать координаты для поиска.

Был запрос от пользователей про Exclude региона. Поэтому, собственно, сейчас такая возможность есть в диалоге.

Да, exclude есть, кстати, это правда. Это надо оставить.

Тогда, видимо, имеет смысл иметь возможность деталь exclude нескольких регионов? Или это не принципиально?

Да, конечно, это тоже можно сделать, но часто было бы удобнее просто выделить нужный регион, а потом найти сайты именно в нем.
Как по мне, так чем больше вариантов, тем лучше, лишь бы это не сказывалось на стабильности и скорости работы.

Понятно.