Welcome, Guest. Please Login or Register
UGENE Bulletin Board
  Welcome to our forum.
  HomeHelpSearchLoginRegister  
 
 
Pages: 1 2 
Интерфейсные фишки (Read 24548 times)
Jul 16th, 2010 at 12:24am

Dima105   Offline
YaBB Newbies
Belarus

Gender: male
Posts: 28
*
 
Панелька букмаркс работает как-то странно. Rename и Remove в контекстном меню постоянно потухшие.
 
IP Logged
 
Reply #1 - Jul 18th, 2010 at 8:50pm

Dima105   Offline
YaBB Newbies
Belarus

Gender: male
Posts: 28
*
 
Хотелось бы разделить save all и создать отдельно save project. Причина: необходимо сохранить проект (>> ссылки на документы), не сохраняя содержимое открытых в ugene файлов, т. к. они уже были изменены [другими программами]. Нажимать каждый раз save as тоже нет необходимости, т. к. файл проекта (его расположение) не меняется.
 
IP Logged
 
Reply #2 - Jul 18th, 2010 at 8:54pm

Dima105   Offline
YaBB Newbies
Belarus

Gender: male
Posts: 28
*
 
Как насчет того, чтобы создать доп. действие reload или refresh для выравниваний вместо пары unload/load, которой, как выяснилось, приходится часто пользоваться.
 
IP Logged
 
Reply #3 - Jul 19th, 2010 at 5:49pm

Mikhail Fursov   Offline
YaBB Administrator

Gender: male
Posts: 162
*****
 
Думаю нам нужно тут выработать полноценный подход к тому как относиться ко внешним изменениям.

Добавить упрощенный reload (unload был сделан ради ресурсов но не для обновления) + самостоятельно трекать изменился файл извне и предупреждать об этом.

Рассмотрим это для следующей версии.
 

---
UGENE team
IP Logged
 
Reply #4 - Jul 21st, 2010 at 9:08pm

Dima105   Offline
YaBB Newbies
Belarus

Gender: male
Posts: 28
*
 
Хочется ф-цию Удалить столбцы с содержанием гапов более X процентов (или более абсолютного количества) в редакторе выравниваний.
 
IP Logged
 
Reply #5 - Jul 21st, 2010 at 9:29pm

Konstantin Okonechnikov   Offline
Global Moderator

Posts: 173
*****
 
Полезная функция.  Запланируем эту фичу на следующую версию. Заодно добавим отображение числа гапов в консенсусе.
 
IP Logged
 
Reply #6 - Jul 23rd, 2010 at 7:03pm

Dima105   Offline
YaBB Newbies
Belarus

Gender: male
Posts: 28
*
 
Go to position в малтиалайне переходит к позиции аминокислоты (нуклеотида) во всем алайнменте. Эта позиция очень непостоянна (особенно если решишь сделать рефайнмент, или поменяешь алгоритм или настройки выравнивания). Было бы удобно в дополнение иметь go to position in selected sequence, чтобы переходить к местоположению снипов, замен, важных сайтов и т.п.
 
IP Logged
 
Reply #7 - Jul 29th, 2010 at 2:24pm

Dima105   Offline
YaBB Newbies
Belarus

Gender: male
Posts: 28
*
 
Включите, плз, для справки, табличку ген кода
 
IP Logged
 
Reply #8 - Aug 10th, 2010 at 7:08pm

Konstantin Okonechnikov   Offline
Global Moderator

Posts: 173
*****
 
Quote:
Было бы удобно в дополнение иметь go to position in selected sequence, чтобы переходить к местоположению снипов, замен, важных сайтов и т.п.

А чем это будет отличаться от существующего функционала? координаты внутри сиквенса и координаты по всему алайнменту одинаковы.

Quote:
Включите, плз, для справки, табличку ген кода

В каком виде? Просто как справочный материал? Или нужна какая то дополнительная функциональность?
 
IP Logged
 
Reply #9 - Aug 11th, 2010 at 1:34am

Dima105   Offline
YaBB Newbies
Belarus

Gender: male
Posts: 28
*
 
Konstantin Okonechnikov wrote on Aug 10th, 2010 at 7:08pm:
координаты внутри сиквенса и координаты по всему алайнменту одинаковы.

пример: предположим, нас интересует Y203 белка из макаки резуса. делаем выравнивание: его "координата" (как оказалось) 345. Приходится пользоваться скроллом (хорошо что алайнмент не очень длинный), чтобы найти столбец, который при пересечении со строкой этой самой макаки покажет 203. Потом делаем refinement. Muscle находит, что еще можно подвинуть (что тоже довольно странно) - теперь "координата" моего тирозина 352. Получаются очень условные координаты, в отличие от номеров "букв" в референсных сиквенсах. Вот в чем есть смысл гоуту #amino acid/base (отсчитывая по конкретному сиквенсу).

Quote:
Включите, плз, для справки, табличку ген кода
В каком виде? Просто как справочный материал? Или нужна какая то дополнительная функциональность?

код был нужен для справки. раз уж ugene комбайн, и чтобы лишний раз не сомневаться в своей памяти - было бы кул.
 
IP Logged
 
Reply #10 - Oct 26th, 2010 at 5:21pm

alex_bio   Offline
YaBB Newbies

Posts: 2
*
 
Уважаемые разработчики. Прежде всего спасибо за программу. Просто по обзору набора возможностей и удобному интерфейсу понимаешь, что прога хорошая и полезная. Но я вот очень давно не занимался компьютерным ДНК-анализом и уменя пара вопросов "от чайника". Подскажите плз. можно ли (и как) загнать в прогу ДНК сиквенс просто как plain text и локализовать на нем ORF(s), заданные олиги, сайты рестрикции и получить все это в едином (ну или хотя бы индивидуальных) графическом изображении (с указанием позиций искомых элементов на сиквенсе или в таблице, н-р). Если у Вас в документации имеется соответствующий раздел - отошлите меня к нему. Что-то я пока не разобрался.
Большое спасибо!
С уважением,
Алексей
 
IP Logged
 
Reply #11 - Oct 27th, 2010 at 5:54am

Mikhail Fursov   Offline
YaBB Administrator

Gender: male
Posts: 162
*****
 
alex_bio wrote on Oct 26th, 2010 at 5:21pm:
Подскажите плз. можно ли (и как) загнать в прогу ДНК сиквенс просто как plain text и локализовать на нем ORF(s), заданные олиги, сайты рестрикции и получить все это в едином (ну или хотя бы индивидуальных) графическом изображении (с указанием позиций искомых элементов на сиквенсе или в таблице, н-р).


Есть 2 способа решить эту задачу:

1)
* Открыть ДНК последовательность и активировать Sequence view
* Запустить все нужные алгоритмы по очереди (меню Анализ).

Их результаты будет сохранены в виде аннотаций в формате Genbank. Эти аннотации визуализируются на Sequence view

2) Использовать Workflow Designer для последовательного аннотирования последовательности разными алгоритмами.

   * Создать Workflow схему в Workflow Designer (Инструменты -> Дизайнер вычислительных схем)
   * В этой схеме нужно начать со считывания последовательности из файла
   * Направить последовательность в блок поиска (например ORF)
   * После этого поставить другой блок поиска ... Получается цепочка типа:
    Read sequence -> Find ORFs -> Find TFBS -> Find ... -> Write Genbank
   * После этого сохранить результат в Genbank
   * Открыть результат в UGENE
   
Если будут еще вопросы, или что-то не получится - спрашивайте.

   



 

---
UGENE team
IP Logged
 
Reply #12 - Oct 28th, 2010 at 4:54pm

alex_bio   Offline
YaBB Newbies

Posts: 2
*
 
Есть 2 способа решить эту задачу:

1)
* Открыть ДНК последовательность и активировать Sequence view
* Запустить все нужные алгоритмы по очереди (меню Анализ).

Их результаты будет сохранены в виде аннотаций в формате Genbank. Эти аннотации визуализируются на Sequence view

2) Использовать Workflow Designer для последовательного аннотирования последовательности разными алгоритмами.

  * Создать Workflow схему в Workflow Designer (Инструменты -> Дизайнер вычислительных схем)
  * В этой схеме нужно начать со считывания последовательности из файла
  * Направить последовательность в блок поиска (например ORF)
  * После этого поставить другой блок поиска ... Получается цепочка типа:
   Read sequence -> Find ORFs -> Find TFBS -> Find ... -> Write Genbank
  * После этого сохранить результат в Genbank
  * Открыть результат в UGENE
 
Если будут еще вопросы, или что-то не получится - спрашивайте.

 



[/quote]
Михаил, большое спасибо!
 
IP Logged
 
Reply #13 - Jul 24th, 2014 at 7:24pm

Ilya Flyamer   Offline
Full Member

Gender: male
Posts: 126
***
 
Чтобы не создавать новую тему, насчет таблицы генетического кода: можно в нее добавить однобуквенные сокращения аминокислот? Smiley
 
IP Logged
 
Reply #14 - Jul 25th, 2014 at 5:40pm

Olga Golosova   Offline
YaBB Administrator

Posts: 338
*****
 
Ilya Flyamer wrote on Jul 24th, 2014 at 7:24pm:
Чтобы не создавать новую тему, насчет таблицы генетического кода: можно в нее добавить однобуквенные сокращения аминокислот? Smiley

Вы про "Codon table"? Добавить не только можно, но и нужноSmiley
 
IP Logged
 
Pages: 1 2