Панелька букмаркс работает как-то странно. Rename и Remove в контекстном меню постоянно потухшие.

Хотелось бы разделить save all и создать отдельно save project. Причина: необходимо сохранить проект (>> ссылки на документы), не сохраняя содержимое открытых в ugene файлов, т. к. они уже были изменены другими программами. Нажимать каждый раз save as тоже нет необходимости, т. к. файл проекта (его расположение) не меняется.

Как насчет того, чтобы создать доп. действие reload или refresh для выравниваний вместо пары unload/load, которой, как выяснилось, приходится часто пользоваться.

Думаю нам нужно тут выработать полноценный подход к тому как относиться ко внешним изменениям.

Добавить упрощенный reload (unload был сделан ради ресурсов но не для обновления) + самостоятельно трекать изменился файл извне и предупреждать об этом.

Рассмотрим это для следующей версии.

Хочется ф-цию Удалить столбцы с содержанием гапов более X процентов (или более абсолютного количества) в редакторе выравниваний.

Полезная функция.  Запланируем эту фичу на следующую версию. Заодно добавим отображение числа гапов в консенсусе.

Go to position в малтиалайне переходит к позиции аминокислоты (нуклеотида) во всем алайнменте. Эта позиция очень непостоянна (особенно если решишь сделать рефайнмент, или поменяешь алгоритм или настройки выравнивания). Было бы удобно в дополнение иметь go to position in selected sequence, чтобы переходить к местоположению снипов, замен, важных сайтов и т.п.

Включите, плз, для справки, табличку ген кода

Quote:

Было бы удобно в дополнение иметь go to position in selected sequence, чтобы переходить к местоположению снипов, замен, важных сайтов и т.п.

А чем это будет отличаться от существующего функционала? координаты внутри сиквенса и координаты по всему алайнменту одинаковы.


Quote:

Включите, плз, для справки, табличку ген кода

В каком виде? Просто как справочный материал? Или нужна какая то дополнительная функциональность?

Konstantin Okonechnikov wrote on Aug 10^th, 2010 at 7:08pm:

координаты внутри сиквенса и координаты по всему алайнменту одинаковы.

пример: предположим, нас интересует Y203 белка из макаки резуса. делаем выравнивание: его "координата" (как оказалось) 345. Приходится пользоваться скроллом (хорошо что алайнмент не очень длинный), чтобы найти столбец, который при пересечении со строкой этой самой макаки покажет 203. Потом делаем refinement. Muscle находит, что еще можно подвинуть (что тоже довольно странно) - теперь "координата" моего тирозина 352. Получаются очень условные координаты, в отличие от номеров "букв" в референсных сиквенсах. Вот в чем есть смысл гоуту #amino acid/base (отсчитывая по конкретному сиквенсу).


Quote:

Включите, плз, для справки, табличку ген кода В каком виде? Просто как справочный материал? Или нужна какая то дополнительная функциональность?

код был нужен для справки. раз уж ugene комбайн, и чтобы лишний раз не сомневаться в своей памяти - было бы кул.

Уважаемые разработчики. Прежде всего спасибо за программу. Просто по обзору набора возможностей и удобному интерфейсу понимаешь, что прога хорошая и полезная. Но я вот очень давно не занимался компьютерным ДНК-анализом и уменя пара вопросов "от чайника". Подскажите плз. можно ли (и как) загнать в прогу ДНК сиквенс просто как plain text и локализовать на нем ORF(s), заданные олиги, сайты рестрикции и получить все это в едином (ну или хотя бы индивидуальных) графическом изображении (с указанием позиций искомых элементов на сиквенсе или в таблице, н-р). Если у Вас в документации имеется соответствующий раздел - отошлите меня к нему. Что-то я пока не разобрался.
Большое спасибо!
С уважением,
Алексей

alex_bio wrote on Oct 26^th, 2010 at 5:21pm:

Подскажите плз. можно ли (и как) загнать в прогу ДНК сиквенс просто как plain text и локализовать на нем ORF(s), заданные олиги, сайты рестрикции и получить все это в едином (ну или хотя бы индивидуальных) графическом изображении (с указанием позиций искомых элементов на сиквенсе или в таблице, н-р).

Есть 2 способа решить эту задачу:

1)
* Открыть ДНК последовательность и активировать Sequence view
* Запустить все нужные алгоритмы по очереди (меню Анализ).

Их результаты будет сохранены в виде аннотаций в формате Genbank. Эти аннотации визуализируются на Sequence view

2) Использовать Workflow Designer для последовательного аннотирования последовательности разными алгоритмами.

  * Создать Workflow схему в Workflow Designer (Инструменты -> Дизайнер вычислительных схем)
  * В этой схеме нужно начать со считывания последовательности из файла
  * Направить последовательность в блок поиска (например ORF)
  * После этого поставить другой блок поиска ... Получается цепочка типа:
   Read sequence -> Find ORFs -> Find TFBS -> Find ... -> Write Genbank
  * После этого сохранить результат в Genbank
  * Открыть результат в UGENE
 
Если будут еще вопросы, или что-то не получится - спрашивайте.

 

Есть 2 способа решить эту задачу:

1)
* Открыть ДНК последовательность и активировать Sequence view
* Запустить все нужные алгоритмы по очереди (меню Анализ).

Их результаты будет сохранены в виде аннотаций в формате Genbank. Эти аннотации визуализируются на Sequence view

2) Использовать Workflow Designer для последовательного аннотирования последовательности разными алгоритмами.

  * Создать Workflow схему в Workflow Designer (Инструменты -> Дизайнер вычислительных схем)
  * В этой схеме нужно начать со считывания последовательности из файла
  * Направить последовательность в блок поиска (например ORF)
  * После этого поставить другой блок поиска ... Получается цепочка типа:
   Read sequence -> Find ORFs -> Find TFBS -> Find ... -> Write Genbank
  * После этого сохранить результат в Genbank
  * Открыть результат в UGENE
 
Если будут еще вопросы, или что-то не получится - спрашивайте.

 



[/quote]
Михаил, большое спасибо!

Чтобы не создавать новую тему, насчет таблицы генетического кода: можно в нее добавить однобуквенные сокращения аминокислот? :)

Ilya Flyamer wrote on Jul 24^th, 2014 at 7:24pm:

Чтобы не создавать новую тему, насчет таблицы генетического кода: можно в нее добавить однобуквенные сокращения аминокислот? :)

Вы про "Codon table"? Добавить не только можно, но и нужно!  :)

Да, про нее. Я того же мнения, спасибо! :)

А еще, идея. При наведении на аминокислоты в трансляции последовательности показывать маленькую подсказку с полным названием аминокислоты.

В Codon table информацию уже добавили, будет доступно в 1.14.
А вот про подсказку что-то я не уверена, не слишком ли интерфейс будет перегружен?.. В общем, создала UGENE-3272

Да, тут еще проблема, что если есть аннотация, то отображается информация о ней...  Правда, надо подумать, можно ли это как-то сделать. А то не все помнят наизусть все аминокислоты. Хотя при наличии таблицы кодонов это не так критично, хотя и по ней искать, какая именно аминокислота обозначена как такая-то буква, не очень удобно (она для другого создана, конечно).