При открытии (создании БД) большого выравнивания (.bam) использование памяти растет до максимума (80% от 8Гб + система полностью использует swap), после какого-то времени ugene просто падает без окон с ошибками. К сожалению, это занимает длительное время, поэтому повторить с запуском в терминале я пока не могу - в это время компьютер использовать невозможно.
bam-файл весит 1.2-1.3 Гб. При работе с файлами меньшего размера (в частности ок. 300 Мб) все работает великолепно (да и вообще, просмотрщик выравниваний - супер!). Особенность моих выравниваний - огромное покрытие в одном месте и недалеко от него (порядка сотен тысяч ридов), не знаю, может ли это повлиять; выравнивание на мышиный геном. Ugene 1.13.3 на Ubuntu 14.04.

Здравствуйте, Ольга!

К сожалению, это довольно сложно, пришлось бы загрузить такой большой файл куда-то в облако что ли... К сожалению, у меня на выкачку очень медленный интернет.
А сейчас и вообще сломался компьютер с данными
Может, я как-то еще могу помочь, чтобы понять, в чем проблема?

Да, к сожалению, именно тот. Вряд ли проблему из-за компьютера, поломка явно железная и очень специфическая. У него 4х-ядерный i7, 8 Гб оперативной памяти. MSI GE40.

К сожалению, другого адекватного компьютера сейчас в наличии нет, жду тот из сервиса...

Ни на каких других данных не пробовал, промежуток между возникновением ошибки и поломкой был очень небольшой. Но вообще это были данные либо напрямую от Bowtie2, либо после несложной фильтрации с помощью pysam - думаю, с ними все должно было быть в порядке (и ровно такие же по методу получения данные, но небольшого размера, обрабатывались на ура).