Welcome, Guest. Please Login or Register
UGENE Bulletin Board
  Welcome to our forum.
  HomeHelpSearchLoginRegister  
 
 
Page Index Toggle Pages: 1
Падение при построении БД большого полногеномного выравнивания. (Read 8665 times)
Jun 8th, 2014 at 7:46pm

Ilya Flyamer   Offline
Full Member

Gender: male
Posts: 126
***
 
При открытии (создании БД) большого выравнивания (.bam) использование памяти растет до максимума (80% от 8Гб + система полностью использует swap), после какого-то времени ugene просто падает без окон с ошибками. К сожалению, это занимает длительное время, поэтому повторить с запуском в терминале я пока не могу - в это время компьютер использовать невозможно.
bam-файл весит 1.2-1.3 Гб. При работе с файлами меньшего размера (в частности ок. 300 Мб) все работает великолепно (да и вообще, просмотрщик выравниваний - супер!). Особенность моих выравниваний - огромное покрытие в одном месте и недалеко от него (порядка сотен тысяч ридов), не знаю, может ли это повлиять; выравнивание на мышиный геном. Ugene 1.13.3 на Ubuntu 14.04.
 
IP Logged
 
Reply #1 - Jun 9th, 2014 at 5:35pm

Olga Golosova   Offline
YaBB Administrator

Posts: 338
*****
 
Здравствуйте, Илья! Спасибо за отзыв!

На наших тестовых данных примерно такого же размера (1.3 Гб) ошибка не воспроизводится. Вы не могли дать ссылку на какие-нибудь тестовые данные, на которых у вас воспроизводится ошибка?
 
IP Logged
 
Reply #2 - Jun 11th, 2014 at 9:06pm

Ilya Flyamer   Offline
Full Member

Gender: male
Posts: 126
***
 
Здравствуйте, Ольга!

К сожалению, это довольно сложно, пришлось бы загрузить такой большой файл куда-то в облако что ли... К сожалению, у меня на выкачку очень медленный интернет.
А сейчас и вообще сломался компьютер с данными Sad
Может, я как-то еще могу помочь, чтобы понять, в чем проблема?
 
IP Logged
 
Reply #3 - Jun 15th, 2014 at 3:37pm

Olga Golosova   Offline
YaBB Administrator

Posts: 338
*****
 
Здравствуйте, Илья!

Я правильно понимаю, что сломался как раз тот компьютер, на котором повторялась ошибка? Может это проблемы из-за компьютера были? Какие у этого компьютера характеристики?

Есть ли у вас возможность проверить у себя локально те же данные в UGENE на каком-нибудь другом компьютере?

Воспроизводилась ли ошибка на каких-нибудь других публично доступных в Интернете данных?
 
IP Logged
 
Reply #4 - Jun 15th, 2014 at 11:27pm

Ilya Flyamer   Offline
Full Member

Gender: male
Posts: 126
***
 
Да, к сожалению, именно тот. Вряд ли проблему из-за компьютера, поломка явно железная и очень специфическая. У него 4х-ядерный i7, 8 Гб оперативной памяти. MSI GE40.

К сожалению, другого адекватного компьютера сейчас в наличии нет, жду тот из сервиса...

Ни на каких других данных не пробовал, промежуток между возникновением ошибки и поломкой был очень небольшой. Но вообще это были данные либо напрямую от Bowtie2, либо после несложной фильтрации с помощью pysam - думаю, с ними все должно было быть в порядке (и ровно такие же по методу получения данные, но небольшого размера, обрабатывались на ура).
 
IP Logged
 
Reply #5 - Oct 10th, 2014 at 12:05am

Ilya Flyamer   Offline
Full Member

Gender: male
Posts: 126
***
 
Отмечу, что теперь (на 1.14.1) эта проблема не наблюдается, несмотря на то, что чтобы построить базу юджину может потребоваться очень много времени (порядка часа). Точка с самым большим покрытием - 11 миллионов ридов, навигация вокруг нее происходит с большими тормозами.
 
IP Logged
 
Page Index Toggle Pages: 1