При открытии (создании БД) большого выравнивания (.bam) использование памяти растет до максимума (80% от 8Гб + система полностью использует swap), после какого-то времени ugene просто падает без окон с ошибками. К сожалению, это занимает длительное время, поэтому повторить с запуском в терминале я пока не могу - в это время компьютер использовать невозможно.
bam-файл весит 1.2-1.3 Гб. При работе с файлами меньшего размера (в частности ок. 300 Мб) все работает великолепно (да и вообще, просмотрщик выравниваний - супер!). Особенность моих выравниваний - огромное покрытие в одном месте и недалеко от него (порядка сотен тысяч ридов), не знаю, может ли это повлиять; выравнивание на мышиный геном. Ugene 1.13.3 на Ubuntu 14.04.

Здравствуйте, Илья! Спасибо за отзыв!

На наших тестовых данных примерно такого же размера (1.3 Гб) ошибка не воспроизводится. Вы не могли дать ссылку на какие-нибудь тестовые данные, на которых у вас воспроизводится ошибка?

Здравствуйте, Ольга!

К сожалению, это довольно сложно, пришлось бы загрузить такой большой файл куда-то в облако что ли... К сожалению, у меня на выкачку очень медленный интернет.
А сейчас и вообще сломался компьютер с данными :(
Может, я как-то еще могу помочь, чтобы понять, в чем проблема?

Здравствуйте, Илья!

Я правильно понимаю, что сломался как раз тот компьютер, на котором повторялась ошибка? Может это проблемы из-за компьютера были? Какие у этого компьютера характеристики?

Есть ли у вас возможность проверить у себя локально те же данные в UGENE на каком-нибудь другом компьютере?

Воспроизводилась ли ошибка на каких-нибудь других публично доступных в Интернете данных?

Да, к сожалению, именно тот. Вряд ли проблему из-за компьютера, поломка явно железная и очень специфическая. У него 4х-ядерный i7, 8 Гб оперативной памяти. MSI GE40.

К сожалению, другого адекватного компьютера сейчас в наличии нет, жду тот из сервиса...

Ни на каких других данных не пробовал, промежуток между возникновением ошибки и поломкой был очень небольшой. Но вообще это были данные либо напрямую от Bowtie2, либо после несложной фильтрации с помощью pysam - думаю, с ними все должно было быть в порядке (и ровно такие же по методу получения данные, но небольшого размера, обрабатывались на ура).

Отмечу, что теперь (на 1.14.1) эта проблема не наблюдается, несмотря на то, что чтобы построить базу юджину может потребоваться очень много времени (порядка часа). Точка с самым большим покрытием - 11 миллионов ридов, навигация вокруг нее происходит с большими тормозами.