При удалении подпоследовательности Ugene предлагает сохранить в новый файл. Как выясняется, при выборе этого пункта в новый файл сохраняется исходная последовательность, а новая остается в старом. По-моему, это очень странно, может, можно это исправить? А то переименовывать замучаешься.
(Кстати, видел где-то тему про переименовывание файлов прямо в Ugene - полностью поддерживаю!)

Ура, жду! Спасибо!