Здравствуйте, спасибо за интерес к нашей программе!

1) В текущей реализации (1.5.1) - нет, не подходят. Оригинальный HMMER3 поддерживает эту возможность, но она не является рекомендуемой, т. к. HMMER2 и HMMER3 анализируют принципиально по-разному. Пробуйте строить новые профили с помощью hmm3 build.

2) Текущие средства ввода не поддерживают более точное задание Е-value. Попробуйте воспользоваться фильтром по итоговой сумме (score).