UGENE Forum | |
https://forum.ugene.net/forum/YaBB.pl
General Category >> Forum in Russian language ([ch1056][ch1091][ch1089][ch1089][ch1082][ch1086][ch1103][ch1079][ch1099][ch1095][ch1085][ch1099][ch1081] [ch1092][ch1086][ch1088][ch1091][ch1084]) >> hmmer search https://forum.ugene.net/forum/YaBB.pl?num=1249376657 Message started by g.sm on Aug 4th, 2009 at 4:04pm |
Title: hmmer search Post by g.sm on Aug 4th, 2009 at 4:04pm
1)скажите, пожалуйста, подходят ли профили созданные с помощью hmm build в hmmer2 для поиска сигналов в hmm3?
2)в hmmer2 при поиске возможно фильтровать результаты по e-value с дискретными значениями: 1E+0, 1E-1... Но у меня поиск с e-value 1E-1 даёт 25000 результатов, а с 1E-2 всего 7. возможно ли выбрать какое-то промежуточное значение? |
Title: Re: hmmer search Post by Ivan Efremov on Aug 4th, 2009 at 11:54pm
Здравствуйте, спасибо за интерес к нашей программе!
1) В текущей реализации (1.5.1) - нет, не подходят. Оригинальный HMMER3 поддерживает эту возможность, но она не является рекомендуемой, т. к. HMMER2 и HMMER3 анализируют принципиально по-разному. Пробуйте строить новые профили с помощью hmm3 build. 2) Текущие средства ввода не поддерживают более точное задание Е-value. Попробуйте воспользоваться фильтром по итоговой сумме (score). |
UGENE Forum » Powered by YaBB 2.5 AE! YaBB Forum Software © 2000-2010. All Rights Reserved. |