1)скажите, пожалуйста, подходят ли профили созданные с помощью hmm build в hmmer2 для поиска сигналов в hmm3?
2)в hmmer2 при поиске возможно фильтровать результаты по e-value с дискретными значениями: 1E+0, 1E-1... Но у меня поиск с e-value 1E-1 даёт 25000 результатов, а с 1E-2 всего 7. возможно ли выбрать какое-то промежуточное значение?

Здравствуйте, спасибо за интерес к нашей программе!

1) В текущей реализации (1.5.1) - нет, не подходят. Оригинальный HMMER3 поддерживает эту возможность, но она не является рекомендуемой, т. к. HMMER2 и HMMER3 анализируют принципиально по-разному. Пробуйте строить новые профили с помощью hmm3 build.

2) Текущие средства ввода не поддерживают более точное задание Е-value. Попробуйте воспользоваться фильтром по итоговой сумме (score).