Welcome, Guest. Please Login or Register
UGENE Bulletin Board
  Welcome to our forum.
  HomeHelpSearchLoginRegister  
 
 
Page Index Toggle Pages: 1
Работа с аннотациями (Read 23367 times)
Mar 23rd, 2009 at 11:16am

Kseniya   Offline
YaBB Newbies

Posts: 20
*
 
привет, у меня есть несколько вопросов:

1. Возможно ли изменить уже существующую аннотацию? то есть ее название, протяженность? у меня пока не получается, только удалить и записать новую, что не удобно.

2. Длина имени аннотации почему-то ограничена.

3. Возможно ли перемещать аннотации друг в друга, группировать?
бывает например слишком много каких-то сайтов аннотируется отдельно, а удобнее собрать их в группу и уже не выбирать их из общего длинного списка.

4. Еще у меня возникла проблема: когда работаешь с последовательностью удобнее кликнуть на какой-либо аннотированный район и сразу скопировать, а получается что я должна еще вручную его сначала выделить.

спасибо за помощь.
 
IP Logged
 
Reply #1 - Mar 23rd, 2009 at 11:21am

Kseniya   Offline
YaBB Newbies

Posts: 20
*
 
5. когда аннотируешь имя группы всегда <auto>, а удобнее было бы если бы выпадал вариант уже существующих групп, чтобы заново не набирать название.
 
IP Logged
 
Reply #2 - Mar 23rd, 2009 at 3:40pm

Mikhail Fursov   Offline
YaBB Administrator

Gender: male
Posts: 162
*****
 
1. Аннотацию, группу или квалификатор можно изменить если нажать на ней F2 (rename) или F4 (edit).
Ее расположение сейчас изменить нельзя. Мы добавим эту возможность в 1.4.2 (конец апреля)


2. Длина аннотации не может превышать размер аннотируемой последовательности. Это единственное ограничение


3. Перемещение уже созданных аннотаций по группам сейчас не поддерживается. Мы добавим это в 1.4.2


4. Есть несколько решений

  a. Скопировать последовательность под аннотацией - для этого есть отдельное подменю в меню "Копировать"

  b. Выделить аннотацию при зажатой кнопке Control - тогда выделится последовательность под ней и можно будет использовать Cntrl-C (работает с версии 1.4.1 которая выходит как раз сегодня)


5. Хорошее замечание. Думаю мы успеем добавить в 1.4.1 подменю из всех существующих в выбранной таблице имен групп.
 

---
UGENE team
IP Logged
 
Reply #3 - Mar 23rd, 2009 at 4:45pm

Kseniya   Offline
YaBB Newbies

Posts: 20
*
 
1. F2 работает, чтобы переименовать, спасибо.

2. если создавать аннотацию, там есть три пункта: имя группы, имя аннотации и позиция. Вот имя группы - можно длинное, а имя аннотации,  если не выбирать из предложенных, а вводить самому- не превышает 15 символов. Может в этом есть какой-то скрытый смысл?

4a. так копируется, но почему-то обратная последовательность  Smiley
 
IP Logged
 
Reply #4 - Mar 23rd, 2009 at 6:27pm

Mikhail Fursov   Offline
YaBB Administrator

Gender: male
Posts: 162
*****
 
Про имя аннотации: это ограничение со старых версий, когда мы записывали имя аннотации в формат genbank как feature-key
Сейчас мы не выходим за пределы feature-key описанных по стандарту, все "нестандартные" имена пишем в genbank как feature-qualifier.
Итог: это ограничение на самом деле нужно убрать.

О копировании последовательности:
Для аннотации будет копироваться reverse-complement последовательность в том случае если аннотация расположена на комплементарном стренде. Если это не так - это ошибка программы. Я перепроверю этот функционал.
 

---
UGENE team
IP Logged
 
Reply #5 - Mar 23rd, 2009 at 7:44pm

Mikhail Fursov   Offline
YaBB Administrator

Gender: male
Posts: 162
*****
 
Kseniya wrote on Mar 23rd, 2009 at 4:45pm:
4a. так копируется, но почему-то обратная последовательность  Smiley


На самом деле была ошибка. В 1.4.1 ее не будет. То есть уже завтра.
 

---
UGENE team
IP Logged
 
Reply #6 - Mar 25th, 2009 at 4:59pm

Kseniya   Offline
YaBB Newbies

Posts: 20
*
 
столкнулась с тем, могут ли быть открыты одновременно несколько проектов?
я как только открываю новый, старый закрывается и уже только через меню "открыть". мне нужно между ними переключаться или вообще чтобы была возможность один в другой записать, то есть все файлы из одного или какие-то выделенные перенести в другой. такое возможно?
 
IP Logged
 
Reply #7 - Mar 25th, 2009 at 5:42pm

Kseniya   Offline
YaBB Newbies

Posts: 20
*
 
как перенести в другой проект через копирование я уже поняла, хотя было бы удобнее просто перетащить  Wink

тогда другой вопрос: когда устанавливается связь аннотаций отдельно и последовательности, то аннотации проставляются на последовательности просто согласно их позициям и это никак не связано с их последовательностями в изначальном файле?
 
IP Logged
 
Reply #8 - Mar 25th, 2009 at 6:14pm

Alexey Varlamov   Offline
YaBB Administrator
Novosibirsk, Russia

Gender: male
Posts: 11
*****
 
Одновременно работает только один проект. С перетаскиванием поэтому могут быть проблемы Wink
Проект можно клонировать через меню File/Save Project As, других вариантов пока не задумывалось.

Проектами можно совсем не пользоваться, они удобны для сохранения логических "сессий", связей между файлами и тп.
Можно пользоваться одним проектом всю жизнь, если замусорился - ненужные файлы из него удалять. Короче вопрос организации собственного рабочего процесса.

По поводу позиций аннотаций, так и есть - согласно формату Генбанка. Если хочется иметь более жёсткую привязку, надо записывать последовательность и аннотации в единый файл.
 
IP Logged
 
Reply #9 - Mar 25th, 2009 at 6:31pm

Kseniya   Offline
YaBB Newbies

Posts: 20
*
 
спасибо Smiley

насчет того что можно один проект на все я уже поняла, но у меня бывают какие-то глюки (я еще за ними понаблюдаю): бывает (не всегда) когда повторно открываю проект не все файлы загружаются Huh хотя вроде сохраняю проект перед этим. то есть они появляются, но не загружается содержимое.
 
IP Logged
 
Reply #10 - Mar 26th, 2009 at 4:02pm

Alexey Varlamov   Offline
YaBB Administrator
Novosibirsk, Russia

Gender: male
Posts: 11
*****
 
Всё правильно, при старте проект не загружает данные для экономии времени и ресурсов. Соотв-но незагруженные объекты в документах показаны серым, они загрузятся по дабл-клику.

Если надо, можно добавить опцию типа "восстанавливать открытые окна при старте проекта".

Есть ещё bookmarks, которые запоминают полное состояние окна (включая позиции и размер), тоже может пригодится.
 
IP Logged
 
Reply #11 - Mar 26th, 2009 at 5:32pm

Kseniya   Offline
YaBB Newbies

Posts: 20
*
 
вот как раз по даблклику они и не грузились, пока больше такого не было.
 
IP Logged
 
Reply #12 - Mar 26th, 2009 at 6:55pm

Mikhail Fursov   Offline
YaBB Administrator

Gender: male
Posts: 162
*****
 
Kseniya wrote on Mar 26th, 2009 at 5:32pm:
вот как раз по даблклику они и не грузились, пока больше такого не было.


Тут нужно посмотреть что при этом пишется во вкладке Журнал.
Возможно этот документ был удален с диска или перемещен?
 

---
UGENE team
IP Logged
 
Page Index Toggle Pages: 1