привет, у меня есть несколько вопросов:

1. Возможно ли изменить уже существующую аннотацию? то есть ее название, протяженность? у меня пока не получается, только удалить и записать новую, что не удобно.

2. Длина имени аннотации почему-то ограничена.

3. Возможно ли перемещать аннотации друг в друга, группировать?
бывает например слишком много каких-то сайтов аннотируется отдельно, а удобнее собрать их в группу и уже не выбирать их из общего длинного списка.

4. Еще у меня возникла проблема: когда работаешь с последовательностью удобнее кликнуть на какой-либо аннотированный район и сразу скопировать, а получается что я должна еще вручную его сначала выделить.

спасибо за помощь.

5. когда аннотируешь имя группы всегда <auto>, а удобнее было бы если бы выпадал вариант уже существующих групп, чтобы заново не набирать название.

1. Аннотацию, группу или квалификатор можно изменить если нажать на ней F2 (rename) или F4 (edit).
Ее расположение сейчас изменить нельзя. Мы добавим эту возможность в 1.4.2 (конец апреля)


2. Длина аннотации не может превышать размер аннотируемой последовательности. Это единственное ограничение


3. Перемещение уже созданных аннотаций по группам сейчас не поддерживается. Мы добавим это в 1.4.2


4. Есть несколько решений

  a. Скопировать последовательность под аннотацией - для этого есть отдельное подменю в меню "Копировать"

  b. Выделить аннотацию при зажатой кнопке Control - тогда выделится последовательность под ней и можно будет использовать Cntrl-C (работает с версии 1.4.1 которая выходит как раз сегодня)


5. Хорошее замечание. Думаю мы успеем добавить в 1.4.1 подменю из всех существующих в выбранной таблице имен групп.

1. F2 работает, чтобы переименовать, спасибо.

2. если создавать аннотацию, там есть три пункта: имя группы, имя аннотации и позиция. Вот имя группы - можно длинное, а имя аннотации,  если не выбирать из предложенных, а вводить самому- не превышает 15 символов. Может в этом есть какой-то скрытый смысл?

4a. так копируется, но почему-то обратная последовательность  :)

Про имя аннотации: это ограничение со старых версий, когда мы записывали имя аннотации в формат genbank как feature-key
Сейчас мы не выходим за пределы feature-key описанных по стандарту, все "нестандартные" имена пишем в genbank как feature-qualifier.
Итог: это ограничение на самом деле нужно убрать.

О копировании последовательности:
Для аннотации будет копироваться reverse-complement последовательность в том случае если аннотация расположена на комплементарном стренде. Если это не так - это ошибка программы. Я перепроверю этот функционал.

Kseniya wrote on Mar 23^rd, 2009 at 4:45pm:

4a. так копируется, но почему-то обратная последовательность  :)

На самом деле была ошибка. В 1.4.1 ее не будет. То есть уже завтра.

столкнулась с тем, могут ли быть открыты одновременно несколько проектов?
я как только открываю новый, старый закрывается и уже только через меню "открыть". мне нужно между ними переключаться или вообще чтобы была возможность один в другой записать, то есть все файлы из одного или какие-то выделенные перенести в другой. такое возможно?

как перенести в другой проект через копирование я уже поняла, хотя было бы удобнее просто перетащить  ;)

тогда другой вопрос: когда устанавливается связь аннотаций отдельно и последовательности, то аннотации проставляются на последовательности просто согласно их позициям и это никак не связано с их последовательностями в изначальном файле?

Одновременно работает только один проект. С перетаскиванием поэтому могут быть проблемы ;)
Проект можно клонировать через меню File/Save Project As, других вариантов пока не задумывалось.

Проектами можно совсем не пользоваться, они удобны для сохранения логических "сессий", связей между файлами и тп.
Можно пользоваться одним проектом всю жизнь, если замусорился - ненужные файлы из него удалять. Короче вопрос организации собственного рабочего процесса.

По поводу позиций аннотаций, так и есть - согласно формату Генбанка. Если хочется иметь более жёсткую привязку, надо записывать последовательность и аннотации в единый файл.

спасибо :)

насчет того что можно один проект на все я уже поняла, но у меня бывают какие-то глюки (я еще за ними понаблюдаю): бывает (не всегда) когда повторно открываю проект не все файлы загружаются :-? хотя вроде сохраняю проект перед этим. то есть они появляются, но не загружается содержимое.

Всё правильно, при старте проект не загружает данные для экономии времени и ресурсов. Соотв-но незагруженные объекты в документах показаны серым, они загрузятся по дабл-клику.

Если надо, можно добавить опцию типа "восстанавливать открытые окна при старте проекта".

Есть ещё bookmarks, которые запоминают полное состояние окна (включая позиции и размер), тоже может пригодится.

вот как раз по даблклику они и не грузились, пока больше такого не было.

Kseniya wrote on Mar 26^th, 2009 at 5:32pm:

вот как раз по даблклику они и не грузились, пока больше такого не было.

Тут нужно посмотреть что при этом пишется во вкладке Журнал.
Возможно этот документ был удален с диска или перемещен?