UGENE Forum
https://forum.ugene.net/forum/YaBB.pl
General Category >> Forum in Russian language ([ch1056][ch1091][ch1089][ch1089][ch1082][ch1086][ch1103][ch1079][ch1099][ch1095][ch1085][ch1099][ch1081] [ch1092][ch1086][ch1088][ch1091][ch1084]) >> Работа с аннотациями
https://forum.ugene.net/forum/YaBB.pl?num=1237781776

Message started by Kseniya on Mar 23rd, 2009 at 11:16am

Title: Работа с аннотациями
Post by Kseniya on Mar 23rd, 2009 at 11:16am
привет, у меня есть несколько вопросов:

1. Возможно ли изменить уже существующую аннотацию? то есть ее название, протяженность? у меня пока не получается, только удалить и записать новую, что не удобно.

2. Длина имени аннотации почему-то ограничена.

3. Возможно ли перемещать аннотации друг в друга, группировать?
бывает например слишком много каких-то сайтов аннотируется отдельно, а удобнее собрать их в группу и уже не выбирать их из общего длинного списка.

4. Еще у меня возникла проблема: когда работаешь с последовательностью удобнее кликнуть на какой-либо аннотированный район и сразу скопировать, а получается что я должна еще вручную его сначала выделить.

спасибо за помощь.

Title: Re: Работа с аннотациями
Post by Kseniya on Mar 23rd, 2009 at 11:21am
5. когда аннотируешь имя группы всегда <auto>, а удобнее было бы если бы выпадал вариант уже существующих групп, чтобы заново не набирать название.

Title: Re: Работа с аннотациями
Post by Mikhail Fursov on Mar 23rd, 2009 at 3:40pm
1. Аннотацию, группу или квалификатор можно изменить если нажать на ней F2 (rename) или F4 (edit).
Ее расположение сейчас изменить нельзя. Мы добавим эту возможность в 1.4.2 (конец апреля)


2. Длина аннотации не может превышать размер аннотируемой последовательности. Это единственное ограничение


3. Перемещение уже созданных аннотаций по группам сейчас не поддерживается. Мы добавим это в 1.4.2


4. Есть несколько решений

  a. Скопировать последовательность под аннотацией - для этого есть отдельное подменю в меню "Копировать"

  b. Выделить аннотацию при зажатой кнопке Control - тогда выделится последовательность под ней и можно будет использовать Cntrl-C (работает с версии 1.4.1 которая выходит как раз сегодня)


5. Хорошее замечание. Думаю мы успеем добавить в 1.4.1 подменю из всех существующих в выбранной таблице имен групп.

Title: Re: Работа с аннотациями
Post by Kseniya on Mar 23rd, 2009 at 4:45pm
1. F2 работает, чтобы переименовать, спасибо.

2. если создавать аннотацию, там есть три пункта: имя группы, имя аннотации и позиция. Вот имя группы - можно длинное, а имя аннотации,  если не выбирать из предложенных, а вводить самому- не превышает 15 символов. Может в этом есть какой-то скрытый смысл?

4a. так копируется, но почему-то обратная последовательность  :)

Title: Re: Работа с аннотациями
Post by Mikhail Fursov on Mar 23rd, 2009 at 6:27pm
Про имя аннотации: это ограничение со старых версий, когда мы записывали имя аннотации в формат genbank как feature-key
Сейчас мы не выходим за пределы feature-key описанных по стандарту, все "нестандартные" имена пишем в genbank как feature-qualifier.
Итог: это ограничение на самом деле нужно убрать.

О копировании последовательности:
Для аннотации будет копироваться reverse-complement последовательность в том случае если аннотация расположена на комплементарном стренде. Если это не так - это ошибка программы. Я перепроверю этот функционал.

Title: Re: Работа с аннотациями
Post by Mikhail Fursov on Mar 23rd, 2009 at 7:44pm

Kseniya wrote on Mar 23rd, 2009 at 4:45pm:
4a. так копируется, но почему-то обратная последовательность  :)


На самом деле была ошибка. В 1.4.1 ее не будет. То есть уже завтра.

Title: Re: Работа с аннотациями
Post by Kseniya on Mar 25th, 2009 at 4:59pm
столкнулась с тем, могут ли быть открыты одновременно несколько проектов?
я как только открываю новый, старый закрывается и уже только через меню "открыть". мне нужно между ними переключаться или вообще чтобы была возможность один в другой записать, то есть все файлы из одного или какие-то выделенные перенести в другой. такое возможно?

Title: Re: Работа с аннотациями
Post by Kseniya on Mar 25th, 2009 at 5:42pm
как перенести в другой проект через копирование я уже поняла, хотя было бы удобнее просто перетащить  ;)

тогда другой вопрос: когда устанавливается связь аннотаций отдельно и последовательности, то аннотации проставляются на последовательности просто согласно их позициям и это никак не связано с их последовательностями в изначальном файле?

Title: Re: Работа с аннотациями
Post by Alexey Varlamov on Mar 25th, 2009 at 6:14pm
Одновременно работает только один проект. С перетаскиванием поэтому могут быть проблемы ;)
Проект можно клонировать через меню File/Save Project As, других вариантов пока не задумывалось.

Проектами можно совсем не пользоваться, они удобны для сохранения логических "сессий", связей между файлами и тп.
Можно пользоваться одним проектом всю жизнь, если замусорился - ненужные файлы из него удалять. Короче вопрос организации собственного рабочего процесса.

По поводу позиций аннотаций, так и есть - согласно формату Генбанка. Если хочется иметь более жёсткую привязку, надо записывать последовательность и аннотации в единый файл.

Title: Re: Работа с аннотациями
Post by Kseniya on Mar 25th, 2009 at 6:31pm
спасибо :)

насчет того что можно один проект на все я уже поняла, но у меня бывают какие-то глюки (я еще за ними понаблюдаю): бывает (не всегда) когда повторно открываю проект не все файлы загружаются :-? хотя вроде сохраняю проект перед этим. то есть они появляются, но не загружается содержимое.

Title: Re: Работа с аннотациями
Post by Alexey Varlamov on Mar 26th, 2009 at 4:02pm
Всё правильно, при старте проект не загружает данные для экономии времени и ресурсов. Соотв-но незагруженные объекты в документах показаны серым, они загрузятся по дабл-клику.

Если надо, можно добавить опцию типа "восстанавливать открытые окна при старте проекта".

Есть ещё bookmarks, которые запоминают полное состояние окна (включая позиции и размер), тоже может пригодится.

Title: Re: Работа с аннотациями
Post by Kseniya on Mar 26th, 2009 at 5:32pm
вот как раз по даблклику они и не грузились, пока больше такого не было.

Title: Re: Работа с аннотациями
Post by Mikhail Fursov on Mar 26th, 2009 at 6:55pm

Kseniya wrote on Mar 26th, 2009 at 5:32pm:
вот как раз по даблклику они и не грузились, пока больше такого не было.


Тут нужно посмотреть что при этом пишется во вкладке Журнал.
Возможно этот документ был удален с диска или перемещен?

UGENE Forum » Powered by YaBB 2.5 AE!
YaBB Forum Software © 2000-2010. All Rights Reserved.