Коллеги, стоит задача по аннотированию целого бактериального генома. в конценсусной последовательности выделили открытые рамки считывания, далее нужно искать гомологи в Генбанк. Не смогли разобраться, как это сделать. Пожалуйста, подскажите.

Уважаемые коллеги ! При попытке аннотирования части генома в данном случае 16S рРНК Helicobacter pylori выдается сообщение: The workflow task in progress - и на 66% прогресс становится бесконечным (ждал полтора часа). При попытке анализа полного генома: The workflow task in progress. There are problem - и всё. Анализируем файлы .bam Может быть кто то сталкивался с похожими проблемами ? Заранее благодарен.

Здравствуйте, Евгений.

Мы поисследовали более детально проблему с NCBI BLAST и выяснили, что, к сожалению, в ближайшее время починить ошибку не удастся: мы используем API веб-сервера NCBI, которое во избежание перегрузки сервера накладывает ряд ограничений на запросы пользователей, в том числе на длину последовательности.

Сейчас мы собираемся выдавать в UGENE в такой ситуации более понятное сообщение об ошибке.

В будущем, возможно мы добавим возможность подключаться к серверу отличному от NCBI с продублированными данными.

Получилась ли у вас использовать локальный BLAST+? Если требуется помощь, обращайтесь!

Добрый день, Евгений!

Какой пакет UGENE у вас сейчас установлен?
Если вы использовали рекомендованный онлайн-инсталлятор с настройками по умолчанию или полный пакет, то инструмент BLAST+ у вас уже есть.

Соответственно в этом случае вы для начала можете попробовать использовать BLAST+ следующим образом:

1) Скачать или построить базу данных BLAST:
1.а) Скачать БД. Различные базы данных можно скачать по FTP с NCBI (ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db). Например, можно использовать базу данных "Nucleotide collection (nr/nt)" или "16S ribosomal RNA sequences (Bacteria and Archaea)", как в BLAST в онлайн-сервисе (см. скриншот). Скачиваете соответствующие файлы и распаковываете их.
1.б) Построить БД в UGENE. В главном меню окна UGENE выбираете "Tools > BLAST > BLAST+ make database", задаете настройки в диалоговом окне (последовательности, путь до БД, базовое имя файлов БД и др.). В данном случае вы можете дополнительно включить в БД ваши последовательности.

2) Запустить поиск:
Открыть последовательность, которую вы хотите сравнить с последовательностями в БД. Появится окно редактора последовательности (Sequence View). В нем выбрать в главном меню "Actions > Analyze > Query with local BLAST+". В появившемся окне указать скачанную или созданную БД.

Когда разберетесь с тем, как осуществлять поиск для одной последовательности, можно автоматизировать эту задачу в дизайнере вычислительных схем (Workflow Designer).