Возможно ли ожидать подбора праймеров для Gibson assembly в Ugene? Есть опен-сорсный проект (точнее, кажется, они обещают открыть код, когда доделают его вот ссылка на github: https://github.com/mrginglymus/Gibthon) gibthon.org, наверняка есть еще, который можно использовать, как мне кажется.

Илья, привет,

я посмотрел на gibthon.

Судя по исходникам и допольнительной ссылке, данный тул является веб-приложением, поэтому так просто встроить его в UGENE как external tool не получится. В качестве возможной реализации можно задействовать ядро на Python, которое скорее всего придется модифицировать, либо просто реализовать подобный функционал по аналогии в UGENE.  Я добавил issue на встравивание gibson assembly в баг-трекер.  Самая главная проблема связанная с встраванием gibson assembly это приоритет задачи. Т.к. это не критический баг, а довольно большой новый функционал,то вряд ли стоит ожидать быстрого встраивания.

Я сам на текущий момент являюсь скорее external contributor и иногда занимаюсь реализацией и фиксом мелких багов, но gibson assembly не входит в спектр моих интересов.

Есть правда один способ ускорить разработку, однако для этого требуется определенный энтузиазм Проявление большей активности и оказание помощи разработчикам сильно способствует повышениею приоритета задачи. Н-р, можно написать письмо на алиас UGENE в котором бы объяснялся необходимый функционал и давался бы некоторый практический пример задачи (включающий входные и ожидаемые выходные данные).  В дальнейшем общение по email может потребовать ответы на вопросы разработчиков и первоначальное тестирование функционала, но также будет сильно способстовать разработке.  

Хотел спросить, не ожидается ли прогресса на этом поприще. Много тулз онлайн умеет это делать, но неудобно переносить данные туда-сюда. Раз уж юджин для всего сразу для молекулярной биологии, то эта возможность очень важна, мне кажется.

Ясно. Я не уверен, что нам будет так легко встретиться, но я готов это обсудить более подробно иными способами.