#@UGENE_WORKFLOW workflow "Новая схема"{ repeats-search { type:repeats-search; name:"Поиск повторов"; } write-annotations { type:write-annotations; name:"Запись аннотаций"; url-out:"P:/test.gb"; } read-sequence { type:read-sequence; name:"Чтение последовательности"; url-in:"P:/Temp/NC_000117.fna.txt"; } .actor-bindings { repeats-search.out-annotations->write-annotations.in-annotations read-sequence.out-sequence->repeats-search.in-sequence } read-sequence.sequence->repeats-search.in-sequence.sequence repeats-search.annotations->write-annotations.in-annotations.annotations .meta { visual { repeats-search { description:"

Поиск повторов

For each sequence from Чтение последовательности, find прямые repeats.
Detect 100% identical repeats not shorter than 50 bps.
Output the list of found regions annotated as repeat_unit.

"; tooltip:"Ищет повторы в нуклеотидных последовательностях, выдаёт найденные регионы как аннотации."; pos:"-586 -789"; style:ext; bg-color-ext:"0 128 128 64"; in-sequence.angle:180; out-annotations.angle:360; } write-annotations { description:"

Запись аннотаций

Save all annotations from Поиск повторов to test.gb in genbank format

"; tooltip:"Writes all supplied annotations to file(s) in selected formatId."; pos:"-246 -787"; style:ext; bg-color-ext:"0 128 128 64"; in-annotations.angle:180; } read-sequence { description:"

Чтение последовательности

Прочитать последовательности из NC_000117.fna.txt.

"; tooltip:"Считывает последовательности (вместе с аннотациями) из файлов, расположенных локально или удаленно."; pos:"-931 -790"; style:ext; bg-color-ext:"0 128 128 64"; bounds:"-30 -30 146 105"; out-sequence.angle:360; } repeats-search.out-annotations->write-annotations.in-annotations { text-pos:"-47.5 -38"; } read-sequence.out-sequence->repeats-search.in-sequence { text-pos:"-58 -24"; } } } }