UGENE Forum - Предсказание вторичной структуры


	The UGENE forum has been switched into read-only mode. If you have any questions, comments, or concerns, please send an e-mail to ugene@unipro.ru. Thanks!

Home

UGENE Forum › General Category › Forum in Russian language (Русскоязычный форум) › Предсказание вторичной структуры

‹ Previous Topic | Next Topic ›

Pages: 1

Предсказание вторичной структуры (Read 7415 times)

Mar 2^nd, 2013 at 4:38pm

SergeyJ Offline
YaBB Newbies

Posts: 29

Хотел бы это попробовать использовать, но почему то у меня этот пункт в меню серый? Почему?

IP Logged

Reply #1 - Mar 3^rd, 2013 at 9:09pm

Konstantin Okonechnikov Offline
Global Moderator

Posts: 173

Предсказание вторичной структуры доступно в UGENE только для белковых последовательностей; для ДНК/РНК и поcледовательностей с неопределнным алфавитом этот пункт меню "отключен".

IP Logged

Reply #2 - Mar 4^th, 2013 at 2:56am

SergeyJ Offline
YaBB Newbies

Posts: 29

А для РНК у вас есть планы поддерживать предсказание вторичной структуры?

IP Logged

Reply #3 - Mar 4^th, 2013 at 4:38pm

Konstantin Okonechnikov Offline
Global Moderator

Posts: 173

Да, такие планы есть:
https://ugene.unipro.ru/tracker/browse/UGENE-647

IP Logged

Reply #4 - Mar 13^th, 2013 at 2:49pm

SergeyJ Offline
YaBB Newbies

Posts: 29

Есть такой http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAfold.cgi сервис, который достаточно точно предсказывает структуры. Кажется он основан на Vienna RNA Package - http://www.tbi.univie.ac.at/~ivo/RNA/

(тут краткое описание http://rna.tbi.univie.ac.at/help.html)

Думаю имеет смысл рассмотреть встраивание этого сервиса.

IP Logged

Pages: 1

‹ Previous Topic | Next Topic ›