Здравствуйте, Уважаемые разработчики UGENE,
Извините за беспокойство - у меня при запуске выдаётся следующее сообщение:
[20:40:59] 'Checking external tools for first time' task failed: Подзадача {CEAS Tools validate task} завершена с ошибкой: R Script required for this tool. Please install R Script or set your PATH variable if you have it installed.
Как я понимаю, нужен скрипт R. Я скачивал full версию инсталлятора. На работоспособность (для моих задач) программы это не влияет. Может это и что-то ненужное, но на всякий случай  "сигнализирую".