Здравствуйте, Иван!

Чтобы получить последовательности повторов можно, например, собрать такую схему:
"Read Sequence" > "Find Repeats" > "Get Sequences by Annotations" > "Write Sequence".

При этом в элементе "Read Sequence" надо задать последовательност(-ь/-и), в котор(-ой/-ых) Вы ищете повторы.

Не совсем понятно, какой в точности результат Вы ожидаете в плане сортировки этих последовательностей. Как вариант, вместо "Write Sequence" можно дополнить схему такими элементами:
"Join Sequences into Alignment" > "Write Alignment".

Можно также при необходимости выровнять последовательности.

Затем открыть полученный результат в редакторе множественных выравниваний и воспользоваться кнопкой "Switch on/off collapsing". Одинаковые последовательности схлопнутся.

Quote:

Попробуйте проставить в элементе "Find Repeats" параметру "Apply 'Max distance' attribute" значение "False". В той схеме, которую Вы прислали по почте, Вы проставили параметру "Max distance" значение "0" (= "Any"), но такой путь, к сожалению, не работает. Я завела задачу, чтобы значение "Any" для этого параметра задать было нельзя.

Quote:

"no filter" - искать все, "unique" - непересекающиеся (разные пары), "disjoint" - повторы в паре также должны быть разделены. См., например, результат для последовательности "AAAAACCCCCAAAAA" с длинной искомых повторов "4".