Welcome, Guest. Please Login or Register
UGENE Bulletin Board
  Welcome to our forum.
  HomeHelpSearchLoginRegister  
 
 
Page Index Toggle Pages: 1
Отображение сайтов рестрикции (Read 4634 times)
Jul 14th, 2014 at 3:49pm

Ilya Flyamer   Offline
Full Member

Gender: male
Posts: 126
***
 
Кажется, я нашел небольшой баг в отображении сайтов рестрикции. Очень удобно, что показаны конкретные места в сайте, где происходит разрез, но оба "треугольничка", показывающих места разреза, расположены на одной и той же цепи ДНК. Чтобы было лучше видно, на картинке два сайта рестрикции BbsI, режущей с отступом. Например, левый: оба треугольничка указывают на нижнюю цепь ДНК, хотя один из разрезов, конечно, происходит в верхней. Да и вообще, сайт узнавания не на одной цепи, а на обеих, конечно, поэтому должен бы показываться на обеих цепях и здесь, думаю.
Кроме того, эти треугольнички, как мне кажется, должны быть всегда поверх остальных аннотаций, потому что они ничего не загораживают, но если попадают на что-то, то видно их плохо (см. правый сайт на картинке).
...
 
IP Logged
 
Reply #1 - Jul 14th, 2014 at 7:33pm

Konstantin Okonechnikov   Offline
Global Moderator

Posts: 173
*****
 
Илья, здравсвуйте!

На данный момент подразумевается, что для сайта рестрикции найденого в прямой цепи верхний треугольник означает разрез в ней же, а нижний треугольник в комплентарной, и наоборот для сайта найденого в обратной-комплементарной - последовательности, нижний в ней же, верхний в комплементарной.

Действительно, будет понятнее, если треугольники будут рисоваться на разных цепях, я завел соотвествующее улучшение в баг-трэкере: UGENE-3203


Quote:
а и вообще, сайт узнавания не на одной цепи, а на обеих, конечно, поэтому должен бы показываться на обеих цепях и здесь, думаю.


Аннотация сайта показывается только на одной цепи, чтобы можно было легко определить в какой именно цепи был найден сайт, когда он не является палиндромом. Н-р в случае с BbsI: левый сайт на картинке найден в обратной комплементарной цепи, правый в прямой.

Quote:
Кроме того, эти треугольнички, как мне кажется, должны быть всегда поверх остальных аннотаций, потому что они ничего не загораживают, но если попадают на что-то, то видно их плохо (см. правый сайт на картинке).

Хороше замечание, соотвествующий баг заведен.

 
IP Logged
 
Reply #2 - Jul 15th, 2014 at 5:47am

Ilya Flyamer   Offline
Full Member

Gender: male
Posts: 126
***
 
Ммм хорошо бы, чтобы в случае палиндромов, может, отображался на обеих цепях? А в случае асимметричных сайтов - на одной?
 
IP Logged
 
Reply #3 - Jul 15th, 2014 at 5:31pm

Konstantin Okonechnikov   Offline
Global Moderator

Posts: 173
*****
 
Да, это хорошая идея! Обновил описание улучшения UGENE-3203
 
IP Logged
 
Page Index Toggle Pages: 1