При работе с выравниваниями хоть сколь-нибудь заметного размера возникает большая сложность в том, как ориентироваться в них. Было бы очень хорошо, если бы в выравниваниях определенные места можно было помечать каким-либо образом (а-ля аннотации). Спасибо!

В смысле, на целых последовательностях? У нее же есть название, вот и пометка... Или я что-то не понял?

Простой вариант, в моем понимании, был бы отмечать некую область не на отдельной последовательности в выравнивании, а на консенсусе. И важно, чтобы при проведении выравнивания заново эта отметка сохранялась, хотя бы просто по номерам букв.

Отлично, спасибо большое!