Welcome, Guest. Please Login or Register
UGENE Bulletin Board
  Welcome to our forum.
  HomeHelpSearchLoginRegister  
 
 
Page Index Toggle Pages: 1
Как узнать сколько раз повтор встречается в последовательности? (Read 3805 times)
Aug 15th, 2013 at 4:58pm

Olesya   Offline
YaBB Newbies

Posts: 1
*
 
Добрый день.

Я новичок в пользовании программой.
При поиске повторов в последовательности, программа выдает мне список повторов парами и расстояние между ними. А как узнать, сколько раз данный повтор встречается в последовательности? Ведь больше двух раз во многих случаях. И, может быть, есть кнопка "перейти к следующей", и программа переносила бы курсор на следующий кусок, где есть эта последовательность. Помогите, пожалуйста.

Второй вопрос. В верхнем окне слева названия строчек unit1-unit30. И какие-то из повторов есть в каждой строчке, какие-то только в нижней.. Что это значит

Очень надеюсь на помощь! Вопросы вроде бы ерундовые, но ни изучение форума, ни мануала не помогло.
 
IP Logged
 
Reply #1 - Aug 19th, 2013 at 2:22pm

Yuriy Vaskin   Offline
Global Moderator

Gender: male
Posts: 138
*****
 
Здравствуйте!

Кнопку "Перейти к следующей" мы запланировали на следующий крупный релиз (https://ugene.unipro.ru/tracker/browse/UGENE-1983).

К сожалению, по аннотациям повторов, UGENE не может показать сколько раз данный повтор встречается на последовательности. Вы можете попробовать воспользоваться поиском тандемных повторов для этого: сколько раз данная последовательность встречается 2, 3, 4, ... раз.

Для навигации по повторам попробоуйте воспользоваться изменением размера области аннотаций и нажатием на концы повтором (рисунок вложен).

В окне с unit1-unit30 программа пытается расположить аннотации на самю нижнюю строчку, если не получается, то она пользуется строчкой выше. Особого биологического смысла тут нет.

Если у вас есть еще вопросы, пожалуйста, пишите.

 

repeats1.jpg (200 KB | )
repeats1.jpg
IP Logged
 
Page Index Toggle Pages: 1