Welcome, Guest. Please Login or Register
UGENE Bulletin Board
  Welcome to our forum.
  HomeHelpSearchLoginRegister  
 
 
Page Index Toggle Pages: 1
Предсказание вторичной структуры (Read 6915 times)
Mar 2nd, 2013 at 4:38pm

SergeyJ   Offline
YaBB Newbies

Posts: 29
*
 
Хотел бы это попробовать использовать, но почему то у меня этот пункт в меню серый? Почему?
 
IP Logged
 
Reply #1 - Mar 3rd, 2013 at 9:09pm

Konstantin Okonechnikov   Offline
Global Moderator

Posts: 173
*****
 
Предсказание вторичной структуры доступно в UGENE только для белковых последовательностей; для ДНК/РНК и поcледовательностей с неопределнным алфавитом этот пункт меню "отключен".
 
IP Logged
 
Reply #2 - Mar 4th, 2013 at 2:56am

SergeyJ   Offline
YaBB Newbies

Posts: 29
*
 
А для РНК у вас есть планы поддерживать предсказание вторичной структуры?
 
IP Logged
 
Reply #3 - Mar 4th, 2013 at 4:38pm

Konstantin Okonechnikov   Offline
Global Moderator

Posts: 173
*****
 
Да, такие планы есть:
https://ugene.unipro.ru/tracker/browse/UGENE-647
 
IP Logged
 
Reply #4 - Mar 13th, 2013 at 2:49pm

SergeyJ   Offline
YaBB Newbies

Posts: 29
*
 
Есть такой http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAfold.cgi сервис, который достаточно точно предсказывает структуры. Кажется он основан на Vienna RNA Package - http://www.tbi.univie.ac.at/~ivo/RNA/

(тут краткое описание http://rna.tbi.univie.ac.at/help.html)

Думаю имеет смысл рассмотреть встраивание этого сервиса.
 
IP Logged
 
Page Index Toggle Pages: 1