Чтобы это сделать нужно редактировать файлы FindAlgorithm.cpp и FindAlgorithm.h. Они в папке ugene\src\corelibs\U2Algorithm\src\misc\

1. Нужно добавить поле с паттерном в FindAlgorithmResult
2. По аналогии с мисматчами, записать в это поле паттерн в функциях поиска (их несколько, по числу алгоритмов)
3. В методе FindAlgorithmResult::toAnnotation добавить квалификатор с результатом.

Если паттерны большие, а результатов много, то могут возникнуть проблемы с памятью. Можно обрезать паттерн или не отображать его совсем, если его длина превышает заданную