Здравствуйте Дмитрий,
к сожалению, на сегодняшний день рукодство пользователя существует только на английском. Мы очень надеемся что в будущем сможем высвободить ресурсы на перевод документации на русский язык.
Совсем недавно мы проводили школу для молодых ученых, специально для нее было создано русскоязычное пособие по некорым практическим задачам, решаемым с помощью UGENE. Материалы школы можно скачать по ссылке
http://ugene.unipro.ru/downloads/fcp_practice.zipКроме того, наш проект открытый, поэтому любой может принять в нем участие - например, создавая документацию на родном языке, как это делают наши японские пользователи (
http://ugene.unipro.ru/forum/YaBB.pl?num=1306142504)
Спасибо за интерес к нашей программе!