Welcome, Guest. Please Login or Register
UGENE Bulletin Board
  Welcome to our forum.
  HomeHelpSearchLoginRegister  
 
 
Page Index Toggle Pages: 1
Ошибки UGENE (Read 15138 times)
Jul 13th, 2010 at 2:06pm

Dima105   Offline
YaBB Newbies
Belarus

Gender: male
Posts: 28
*
 
[Dima@lpe-204g-1 ugene-1.7.1]$ ./ugene -ui
/opt/ugene-1.7.1/./ugeneui: /lib64/libz.so.1: no version information available (required by /opt/ugene-1.7.1/./libcore.so.1)
./ugene: line 30: 12728 Segmentation fault      (core dumped) $dirname/$appname $params
[Dima@lpe-204g-1 ugene-1.7.1]$ uname -a
Linux lpe-204g-1 2.6.31.5-127.fc12.x86_64 #1 SMP Sat Nov 7 21:11:14 EST 2009 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux

Дистрибутив Fedora 12.

Запускаем ugene, выбираем пункт меню build weight matrix, в верхней строке диалогового окна выбираем прикрепленный к сообщению файл - программа вылетает с сегфолтом.

Еще один баг - диалоговые окна по выбору файлов не видят файлов без расширений, хотя выбрана опция "ALL FILES"
 

error.t (40 KB | )
IP Logged
 
Reply #1 - Jul 14th, 2010 at 1:43pm

Oleg Godovykh   Offline
YaBB Newbies

Posts: 6
*
 
Дмитрий, спасибо за багрепорт. Проблема с вылетом уже исследована, исправление войдёт в следующую версию UGENE.

Хотелось бы знать, что это за формат файла, возможно вылет происходит из-за неверного распознавания, тогда следует внести дополнительные правки.

Ситуация с файлами без расширения сейчас анализируется.
 
IP Logged
 
Reply #2 - Jul 14th, 2010 at 2:18pm

Dima105   Offline
YaBB Newbies
Belarus

Gender: male
Posts: 28
*
 
Файл я прикрепил к посту. Если не скачивается, могу прислать.
 
IP Logged
 
Reply #3 - Jul 15th, 2010 at 11:21pm

Dima105   Offline
YaBB Newbies
Belarus

Gender: male
Posts: 28
*
 
Когда создаешь подвыравнивание по выделению на выравнивании и указываешь в диалоге имя файла для сохранения и выбираешь чекбокс "добавить в проект", то сабалайнмент не появляется в проекте под новым именем, а меняется содержимое в исходном алайнменте. Приходится жать анлоад, потом лоад, чтобы восстановить данные в исходном алайнменте, потом добавлять вручную субалайнмент.
 
IP Logged
 
Reply #4 - Jul 16th, 2010 at 4:48pm

Konstantin Okonechnikov   Offline
Global Moderator

Posts: 173
*****
 
Дмитрий,
баг с подвыравниванием повторить не удалось.
Какое имя было использовано в диалоге? Такое же как у первоначального файла?
 
IP Logged
 
Reply #5 - Jul 18th, 2010 at 3:21am

Dima105   Offline
YaBB Newbies
Belarus

Gender: male
Posts: 28
*
 
Konstantin Okonechnikov wrote on Jul 16th, 2010 at 4:48pm:
Такое же как у первоначального файла?

хорош стебаться  Wink
буду на работе, повторю все действия и скину соответствующий файл .aln
 
IP Logged
 
Reply #6 - Jul 18th, 2010 at 9:10pm

Dima105   Offline
YaBB Newbies
Belarus

Gender: male
Posts: 28
*
 
Первое: когда нажимаешь save a copy на документ с алайментом, копия файла не создается, программа несколько раз переспросит о сохранении, но физически файл так и не создаст (на диске его нет, проверил точно, искал, его нигде нет, название файла помню, знаю, не приснилось, баг). А нажимаешь сэйв олл, и новый документ просто исчезает из проекта.

Konstantin Okonechnikov wrote on Jul 16th, 2010 at 4:48pm:
баг с подвыравниванием повторить не удалось.

Открываем прикрепленный файл (в нем ничего особенного нет, можно и любой другой алаймент). Выделяем несколько стольбцов и выбираем (для точной репродукции) столбцы с 6 по 20 Smiley. Выбираем edit/create subali.. Там выбираем имя файла temp.aln в той же папке, где находится исходный файл. Галочку оставляем выбранной. Жмем ок, воспроизводим косяк!

ЗЫ. И с форумом косяк. Прикрепленный файл пропал после того, как нажал preview.
 

buggy.aln (10 KB | )
IP Logged
 
Reply #7 - Jul 18th, 2010 at 9:19pm

Dima105   Offline
YaBB Newbies
Belarus

Gender: male
Posts: 28
*
 
при запуске второй копии ugene получаем segfault.
Quote:
/opt/ugene-1.7.1/ugeneui: /lib64/libz.so.1: no version information available (required by /opt/ugene-1.7.1/libcore.so.1)
/opt/ugene-1.7.1/ugene: line 30: 28366 Segmentation fault      (core dumped) $dirname/$appname $params


не уверен, что точно знаю причину, но когда оперативка была забита более чем на 4 гига, ugeneX86_64 не заводился. Стоило закрыть дополнительные проги и снизить использование озу до 3,8 гигов, как он завелся. И еще вот такие фишечки. Все окна южина закрыты. Чего сейчас сегфолтит, не знаю.

Quote:
[Dima@lpe-204g-1 ugene-1.7.1]$ ./ugene --help
/opt/ugene-1.7.1/./ugenecl: /lib64/libz.so.1: no version information available (required by /opt/ugene-1.7.1/./libcore.so.1)
[17:17][User Interface][INFO]  UGENE started                                  
./ugene: line 30: 28410 Segmentation fault      (core dumped) $dirname/$appname $params
 
IP Logged
 
Reply #8 - Jul 18th, 2010 at 9:30pm

Dima105   Offline
YaBB Newbies
Belarus

Gender: male
Posts: 28
*
 
Dima105 wrote on Jul 18th, 2010 at 9:19pm:
Все окна южина закрыты. Чего сейчас сегфолтит, не знаю.

Удалил ~/.config/UniPro/*.ini, заработало. Прошу отметить, с работой предыдущей версии юджина это уже не связано.
 
IP Logged
 
Reply #9 - Jul 21st, 2010 at 12:29am

Konstantin Okonechnikov   Offline
Global Moderator

Posts: 173
*****
 
Описанные ошибки с save a copy и subalignmet связаны именно с Линукс-версией т.к. на Виндоус все нормально проходит.

Перепроверяем всё на Федоре.

Насчет использования памяти: можно установить ограничения по использванию в настройках. Seg fault уберем, если получиться воспроизвести баг.
 
IP Logged
 
Reply #10 - Jul 21st, 2010 at 8:36pm

Dima105   Offline
YaBB Newbies
Belarus

Gender: male
Posts: 28
*
 
Когда выбираешь файл (прикреплен) для построения weight matrix, прога выдает ошибку о том, что не найден алайнмент.

PS Похоже, опять ориентируется на расширение.

PPS Немного оффтоп, но хотелось бы и для белков такую tool
 

aaa.txt (7 KB | )
IP Logged
 
Page Index Toggle Pages: 1