Apr 19th, 2024 at 10:56pm
 Choose Language:
 
  Welcome, Guest. Please Login or Register
 UGENE Bulletin Board
  Welcome to our forum.
 
  HomeHelpSearchLoginRegister  
 
 
  UGENE Forum › General Category › Forum in Russian language (Русскоязычный форум) › Визуализатор сиквенсов
‹ Previous Topic | Next Topic ›
Page Index Toggle Pages: 1
Визуализатор сиквенсов (Read 39522 times)
Mar 23rd, 2009 at 5:19pm

Kseniya   Offline
YaBB Newbies

Posts: 20
 *
 
В сравнении с нашими стандартными программами chromas, FinchTV (которую советуют сотрудники центра сиквенирования )
очень удобно, что можно выделенный  район проанализировать, копировать и экспортировать в fasta формат, а не всю сразу последовательность как в chromas, мне кажется - это принципиально положительно отличие.

но у меня есть два предложения или замечания:

1. Это необходимость добавить возможность замены букв и их установки вручную над каждым пиком (часто компьютер при сиквенировании ставит N, там где 100% понятно какая буква, мы глазами это видим и удобнее поменять букву перед тем как экспортировать)

2. разрешение .ab как говорят в центре, несет еще информацию о quality каждого пика, и программа FinchTV это отображает, тогда как обычный сhromas  - нет, на самом деле, мы не пользуемся этой характеристикой, но если вы сможете ее отображать будет полезно.
 
Back to top 
IP Logged
 
Reply #1 - Mar 23rd, 2009 at 6:34pm

Mikhail Fursov   Offline
YaBB Administrator

Gender: male
 Posts: 162
 *****
 
1. Возможность замены есть, просто замены делаются не в оригинальной последовательности из файла с хромотограммой, а в клоне. Чтобы создать клон надо выбрать "Edit new sequence" из попап-меню над визуализацией хромотограммы. Эта новая sequence будет сохраняться в отдельный fasta файл.

Есть ли необходимость модифицировать последовательность в файле с оригинальной хромотограмой?


2. Можно ли получить .ab файл,  где есть эти данные и мы их не отображаем? На FinchTV мы пока не смотрели, только на Chromas.
 
---
UGENE team
Back to top 
IP Logged
 
Reply #2 - Mar 23rd, 2009 at 7:02pm

Kseniya   Offline
YaBB Newbies

Posts: 20
 *
 
a) на самом деле, необходимость модифицировать последовательность в оригинальном файле с пиками есть, ведь там все наглядно, а в клоне в faste мне еще нужно найти именно то место, где я должна заменить букву (если клон будет открываться с пиками, то проблем нет).  Мне  кажется, эту функцию chromas лучше не терять, потому что то что проставил компьютер автоматом не всегда правильно.

b) файл .ab1 это стандартный файл, который нам присылает центр (я пошлю один по e.mail)  FinchTV лежит у них на сайте в свободном доступе http://sequest.niboch.nsc.ru/user.html.
Сейчас у них есть еще одна новая программа Peak Scanner, но я пока с ней не работала.
 
GB_2009_03_16_1920.txt (0 KB | )
Back to top 
IP Logged
 
Reply #3 - Mar 23rd, 2009 at 7:09pm

Kseniya   Offline
YaBB Newbies

Posts: 20
 *
 
не получилось прикрепить файл .ab1, так как расширение не удовлетворяло условиям форума, но потом я почему-то не смогла удалить attachment, была возможность только выбрать другой. Поэтому sorry за неправильный файл. Но как же все-таки убрать неправильный attachment?
 
Back to top 
IP Logged
 
Reply #4 - Mar 23rd, 2009 at 7:22pm

Mikhail Fursov   Offline
YaBB Administrator

Gender: male
 Posts: 162
 *****
 
Я убрал ограничение на типы файлов - можно попробовать добавить attachment еще раз
 
---
UGENE team
Back to top 
IP Logged
 
Reply #5 - Mar 23rd, 2009 at 7:57pm

Mikhail Fursov   Offline
YaBB Administrator

Gender: male
 Posts: 162
 *****
 
Kseniya wrote on Mar 23rd, 2009 at 7:02pm:
a) на самом деле, необходимость модифицировать последовательность в оригинальном файле с пиками есть, ведь там все наглядно, а в клоне в faste мне еще нужно найти именно то место, где я должна заменить букву (если клон будет открываться с пиками, то проблем нет).  Мне  кажется, эту функцию chromas лучше не терять, потому что то что проставил компьютер автоматом не всегда правильно.


Редактировать FASTA файл можно в контексте хроматограммы.
Пример тут на 2 скриншоте: http://ugene.unipro.ru/plugin_chromaview.html

Та последовательность что сверху и есть редактируемая FASTA.
 
---
UGENE team
Back to top 
IP Logged
 
Reply #6 - Mar 23rd, 2009 at 8:13pm

Alexey Varlamov   Offline
YaBB Administrator
Novosibirsk, Russia

Gender: male
 Posts: 11
 *****
 
Kseniya wrote on Mar 23rd, 2009 at 5:19pm:
2. разрешение .ab как говорят в центре, несет еще информацию о quality каждого пика, и программа FinchTV это отображает, тогда как обычный сhromas  - нет, на самом деле, мы не пользуемся этой характеристикой, но если вы сможете ее отображать будет полезно.


На самом деле отображение Quality Values было принудительно выключено для ABI файлов - по причине якобы низкой их достоверности Cheesy (Где-то в Интернет попадались жалобы на формат ABIF и рекомендации переходить на SCF).
Я включил их обратно для версии 1.4.1 - возможно потом надо добавить переключатель для контроля пользователями Huh
 
Back to top 
IP Logged
 
Reply #7 - Mar 24th, 2009 at 3:14pm

Kseniya   Offline
YaBB Newbies

Posts: 20
 *
 
в Америке нам присылали файлы с разрешениями .phd .scf и ab1,  и предлагали ту же FinchTV для просмотра. В нашем центре присылают только файлы .ab1, хотя наверно, если попросить отдадут все, какой у них принцип выбора формата я не знаю.
Насколько нужны пользователю Quality Value он сам решит, мы обходимся без них, так как ошибки сиквенса возникают на разных этапах и полагаться только на Quality Value смысла особого не имеет. А вот сделать возможным открывать все форматы будет хорошо  Smiley
И чем собственно они отличаются? Undecided
 
Back to top 
IP Logged
 
Reply #8 - Mar 24th, 2009 at 3:21pm

Kseniya   Offline
YaBB Newbies

Posts: 20
 *
 
сами файлы .phd .scf  (.ab1 больше 250 кб)
 
pCRII-Dmerlin-2F-M13F-A03.scf (156 KB | )
pCRII-Dmerlin-3F-M13F-B03_phd.1 (15 KB | )
Back to top 
IP Logged
 
Reply #9 - Mar 24th, 2009 at 4:39pm

Kseniya   Offline
YaBB Newbies

Posts: 20
 *
 
Редактировать FASTA файл можно в контексте хроматограммы.
Пример тут на 2 скриншоте: http://ugene.unipro.ru/plugin_chromaview.html

Та последовательность что сверху и есть редактируемая FASTA.

да... не тривиально все оказалось Tongue, может, просто потому что с обычным chromas привыкла работать.
Я разобралась. Но одна проблема осталась:
как сохранить уже в открытом и измененном клоне (faste) определенный кусок, а не всю сразу последовательность? когда я начинаю выделять, выделяется кусок оригинальной последовательности, а мне нужен кусок верхней последовательности (клона)?
 
Back to top 
IP Logged
 
Reply #10 - Mar 24th, 2009 at 8:59pm

Alexey Varlamov   Offline
YaBB Administrator
Novosibirsk, Russia

Gender: male
 Posts: 11
 *****
 
Kseniya wrote on Mar 24th, 2009 at 3:14pm:
в Насколько нужны пользователю Quality Value он сам решит, мы обходимся без них, так как ошибки сиквенса возникают на разных этапах и полагаться только на Quality Value смысла особого не имеет. А вот сделать возможным открывать все форматы будет хорошо  Smiley

Ага, отныне так и будет - добавил переключатель "Показывать QV" в контекстное меню.

Quote:
И чем собственно они отличаются? Undecided

Формат ABI отличается тем, что base calls и quality values хранятся раздельными массивами и поэтому возможна их рассинхронизация или даже полное несоответствие (как результат ошибок в программах или прошивках лабораторных машин).
Этот недостаток исправлен в SCF.

Формат PHD раньше не попадал нам в поле зрения, насколько я понял это результат облагораживания "сырых" хроматограмм программой phred, которая пересчитывает quality values, разделяет двойные пики и тп.
Возможно в одной из следующих версий добавим такой функционал - как часть поддержки ассемблирования.
Если понадобится просто читать и показывать PHD файлы, пишите нам запрос  Cool
 
Back to top 
IP Logged
 
Reply #11 - Mar 24th, 2009 at 9:13pm

Alexey Varlamov   Offline
YaBB Administrator
Novosibirsk, Russia

Gender: male
 Posts: 11
 *****
 
Kseniya wrote on Mar 24th, 2009 at 4:39pm:
как сохранить уже в открытом и измененном клоне (faste) определенный кусок, а не всю сразу последовательность? когда я начинаю выделять, выделяется кусок оригинальной последовательности, а мне нужен кусок верхней последовательности (клона)?

Добавим такую опцию в следующей версии, в эту уже не успели.

Как временное решение, можно пометить выделенный кусок как аннотацию, открыть редактируемую последовательность в другом окне и присоединить к нему эту аннотацию (бросить мышкой объект аннотации из дерева проекта на окно последовательности). Далее можно копировать как обычно  Grin
 
Back to top 
IP Logged
 
Reply #12 - Mar 26th, 2009 at 4:50pm

Kseniya   Offline
YaBB Newbies

Posts: 20
 *
 
а как сделать комплиментарной хроматограмму и последовательность с пиками (которая сверху пишется)? мы их часто в chromas переворачиваем, когда прочитано с разных концов.
 
Back to top 
IP Logged
 
Reply #13 - Mar 26th, 2009 at 6:59pm

Alexey Varlamov   Offline
YaBB Administrator
Novosibirsk, Russia

Gender: male
 Posts: 11
 *****
 
Это мы не предусмотрели Huh
Надо добавить...
 
Back to top 
IP Logged
 
Reply #14 - Mar 27th, 2009 at 9:32pm

Mikhail Fursov   Offline
YaBB Administrator

Gender: male
 Posts: 162
 *****
 
Alexey Varlamov wrote on Mar 26th, 2009 at 6:59pm:
Это мы не предусмотрели Huh
Надо добавить...


Думаю это простол добавить если при загрузке любого файла с хроматограмой добавить опцию - комплементировать последовательность
 
---
UGENE team
Back to top 
IP Logged
 
Page Index Toggle Pages: 1
‹ Previous Topic | Next Topic ›
  « Home ‹ Board Top of this page

UGENE Forum » Powered by YaBB 2.5 AE!
YaBB Forum Software © 2000-2010. All Rights Reserved.

Valid RSS Valid XHTML Valid CSS Powered by Perl Source Forge