UGENE Forum
https://forum.ugene.net/forum/YaBB.pl
General Category >> Forum in Russian language ([ch1056][ch1091][ch1089][ch1089][ch1082][ch1086][ch1103][ch1079][ch1099][ch1095][ch1085][ch1099][ch1081] [ch1092][ch1086][ch1088][ch1091][ch1084]) >> Хроматограмма сдвинута относительно последовательности
https://forum.ugene.net/forum/YaBB.pl?num=1407694828

Message started by Ilya Flyamer on Aug 11th, 2014 at 1:20am

Title: Хроматограмма сдвинута относительно последовательности
Post by Ilya Flyamer on Aug 11th, 2014 at 1:20am
Практически всегда в ab1 файлах пики хроматограммы и соответствующие буквы немного сдвинуты, иногда это очень неудобно. При разном увеличении сдвиг разный в масштабах пиков, иногда они могут быть вообще сдвинуты на целый пик. Пример:

Видно, что выделенная буква C находится точно под следующим пиком, T.

Title: Re: Хроматограмма сдивнута относительно последовательности
Post by Olga Golosova on Aug 11th, 2014 at 11:19am
Создала баг. Если не сложно, прикрепите, пожалусйста, файл, который изображен на картинке, чтобы разработчику, который будет чинить баг, было легче отлаживаться.

Title: Re: Хроматограмма сдивнута относительно последовательности
Post by Ilya Flyamer on Aug 11th, 2014 at 12:37pm
https://yadi.sk/d/bEgoWBjAZQCqL

Title: Re: Хроматограмма сдвинута относительно последовательности
Post by Olga Golosova on Aug 11th, 2014 at 12:40pm
Спасибо, прикрепила файлик к багу.

Title: Re: Хроматограмма сдвинута относительно последовательности
Post by Artyom Savchenko on Dec 17th, 2014 at 8:07pm
Илья, расстояние между пиками хроматограмм зависит от данных, но в последовательности нуклеотиды отображаются с одинаковым шагом, из-за этого и возникает смещение. Этого мы исправить не можем, но на картинке также видно, что исчезло выделение пика на хромотограмме(прикрепил изображение с соответствующим выделением), в ближайшем релизе мы это сможем исправить. Если у Вас есть другие предложения относительно хроматограмм, которые не требуют изменения  отображения последовательности, то мы также можем их учесть. 
Chrom.png (83 KB | 574 )

Title: Re: Хроматограмма сдвинута относительно последовательности
Post by Ilya Flyamer on Dec 17th, 2014 at 9:58pm
Артем,

Очень жаль, что нельзя это исправить... Эта проблема очень странные ощущения при просмотре хроматограмм вызывает, и если не выделить соответствующие буквы в последовательности и не проверить, то иногда можно и ошибиться. Почему нельзя изменить способ отображения последовательности?

А про отсутствие выделения пика я не понял - там же есть выделение в области хроматограммы (просто сигнал там уже ужасный, и никакого сиквенса на самом деле нет, и пиков нет).

Title: Re: Хроматограмма сдвинута относительно последовательности
Post by Olga Golosova on Dec 17th, 2014 at 10:25pm

Quote:
Очень жаль, что нельзя это исправить... Эта проблема очень странные ощущения при просмотре хроматограмм вызывает, и если не выделить соответствующие буквы в последовательности и не проверить, то иногда можно и ошибиться. Почему нельзя изменить способ отображения последовательности?

Илья, речь идет о том, что на самом деле последовательность отображается в двух местах:
1) Вверху хроматограммы
2) Внизу в Sequence View

На хроматограмме растояние между пиками может быть различным, поэтому расстояние между буквами последовательностей на хроматограмме может быть распределено неравномерно (см. картинку, которую Артем прикрепил).

В Sequence View буквы всегда ровно идут (расстояние между ними одинаковое).

Объясните, пожалуйста, почему не подходит способ просмотра букв в последовательности вверху хроматограммы?


Quote:
А про отсутствие выделения пика я не понял - там же есть выделение в области хроматограммы (просто сигнал там уже ужасный, и никакого сиквенса на самом деле нет, и пиков нет).

Выделение букв синхронизовано в обеих указанных выше последовательностях, т.е. если Вы выделяете регион в Sequence View, то и на хроматограмме, и на последовательности над хроматограммой регион будет выделен. И наоборот.
Однако мы заметили баг в UGENE, по-крайней мере в Windows, - когда фокус переходит с окна UGENE на какое-нибудь другое окно и обратно, то "синхронизованное" выделение на хроматограмме пропадает. Именно этот баг и будет починен. Также, я думаю, стоит упростить выделение букв на хроматограмме так, чтобы щелчок мыши на букве или же на пике активизировал выделение соответствующей буквы.

Title: Re: Хроматограмма сдвинута относительно последовательности
Post by Ilya Flyamer on Dec 18th, 2014 at 4:15am
А, я понял про последовательность. Ну, да, из-за сдвига приходится и наверху смотреть, и иметь там подписи удобно, это верно. Но, например, поиск работает именно по Sequence View, и копировать надо оттуда, и так далее.
Баг на убунте не замечал, но мог и просто проглядеть.
Про выделение по нажатию поддерживаю, и хорошо бы, чтобы можно было не просто нажать, но и с шифтом (или растягивая выделение мышкой) выделить область.

Title: Re: Хроматограмма сдвинута относительно последовательности
Post by Olga Golosova on Dec 18th, 2014 at 3:19pm

Quote:
Но, например, поиск работает именно по Sequence View, и копировать надо оттуда, и так далее.

Что Вы имеете в виду? Поиск работает на последовательности нуклеотидов, а отображение происходит как на хроматограмме, так и в Sequence View. Синхронизовано оно :)
Да и копировать последовательность можно и с хроматограммы.


Quote:
Про выделение по нажатию поддерживаю, и хорошо бы, чтобы можно было не просто нажать, но и с шифтом (или растягивая выделение мышкой) выделить область.

Да, возможно можно про Shift добавить. А растягивать регион мышкой можно и сейчас (прям на хроматограмме). У Вас работает ведь это? Уточните, пожалуйста, что именно не получается сделать?

Title: Re: Хроматограмма сдвинута относительно последовательности
Post by Ilya Flyamer on Dec 18th, 2014 at 7:39pm
1) Про пропадание выделения подтверждаю в убунте.
2) Давненько я не открывал никаких сиквенсов в юджине, как-то и забыл, видимо, уже все)) Да, похоже, Вы правы, больших неудобств это не должно вызывать, если просто смотреть в первую очередь на верхнюю последовательность над пиками. Единственное, что это когда при поиске создается аннотация, то она синхронизирована с нижней последовательностью, и поэтому сдвинута относительно пиков, что визуально производит неправильное впечатление. Теперь при поиске без создания аннотаций это не так важно. Однако если я экспортирую участок хроматограммы с аннотациями для, например, презентации, то этот сдвиг портит картинку.

Title: Re: Хроматограмма сдвинута относительно последовательности
Post by Olga Golosova on Dec 19th, 2014 at 9:03pm
На хроматограммах, говорите, аннотации еще надо :) Ну хорошо, подумаем (UGENE-3884) :)

Title: Re: Хроматограмма сдвинута относительно последовательности
Post by Ilya Flyamer on Dec 19th, 2014 at 9:24pm
Дааа я думал, предложить это или нет, решил, что если это осмысленно, то Вы сами догадаетесь, а если нет, то и не надо :) Спасибо :)

Title: Re: Хроматограмма сдвинута относительно последовательности
Post by Olga Golosova on Dec 19th, 2014 at 10:16pm
Вам спасибо за активное участие в проекте :)

UGENE Forum » Powered by YaBB 2.5 AE!
YaBB Forum Software © 2000-2010. All Rights Reserved.