Я тут воспользовался поиском по последовательности на основе fasta-файла с последовательностями, которые я хочу найти. И поставил галочку Use pattern name. И оказалось, что последнюю букву в почти всех случаях юджин обрезал, а она была важная - F или R (прямой праймер или обратный). И только в случае немного более короткого имени она сохранилась. Похоже, что имя аннотации не может быть длиннее 15 букв - это так задумано?

А еще это имя сохраняется как квалификатор ugene_name, а группа - как ugene_group, так что в других программах эти аннотации выглядят как просто misc_feature, как которые они и записываются.

Действительно, сейчас есть такое ограничение, завела улучшение, чтобы это исправить: UGENE-3221


Quote:

А еще это имя сохраняется как квалификатор ugene_name, а группа - как ugene_group, так что в других программах эти аннотации выглядят как просто misc_feature, как которые они и записываются.

Вот тут не могли бы поподробней?

Если имя аннотации есть среди стандартных имен, то аннотация сохраняется с ним. Стандартные имена можно посмотреть, например, в диалоге создания аннотации (см. картинку).

Группа же аннотации задается на панели опций.

---

ОК, я вписывал не стандартное имя группы... Но все равно, имя тоже записывается не как name или label, а как ugene_name. И вообще, я посмотрел еще на файл, в с которым сейчас работал - оказывается, если я создаю аннотацию с нестандартным названием (например, sequencing_primers), то что, юджин записывает это как misc_feature с квалификатором ugene_name? А в генбанковских файлах нельзя просто произвольные имена делать? А то потом отправишь такой файл кому-нибудь с другой программой, и там все не так будет...
А с группами как? Их же нет стандартных, создаю группу sequencing_primers, а все аннотации в группе сохраняюся как misc_feature с квалификатором ugene_group="sequencing primers".

Может стоит просто в туториале каком-нибудь это подробно описать? Или я не видел просто?

Quote:

ОК, я вписывал не стандартное имя группы... Но все равно, имя тоже записывается не как name или label, а как ugene_name.

У меня не повторяется такое поведение. Вот, к примеру, такой файл сохранился:

Code:

LOCUS       Annotations                                             16-JUL-2014 UNIMARK     Annotations FEATURES             Location/Qualifiers      repeat_region   21..46                      /mismatches=0                      /ugene_group="misc_feature"      repeat_region   5264..5289                      /mismatches=0                      /ugene_group="misc_feature" //

Quote:

А в генбанковских файлах нельзя просто произвольные имена делать?

Есть стандартные "feature key" (см. ссылку).


Quote:

А с группами как?

По идее, стоило бы выбирать у групп значение "<auto>", тогда папки создавались бы такие же, как имена аннотаций. Но сейчас там, к сожалению, баг (UGENE-3223)
Вообще, для групп действуют те же самые правила. Создайте, к примеру, группу misc_features или CDS или т.п.


Quote:

Может стоит просто в туториале каком-нибудь это подробно описать? Или я не видел просто?

Да, опишем подробней (UGENE-3222)

Code:

misc_feature    1492..1512                      /mismatches=0                      /ugene_name="Cas9_px330_263_"                      /ugene_group="sequencing_primers"

Вот так выглядит в файле одна из созданных при поиске аннотаций. В других программах отображается как аннотация без какого бы то ни было названия, только при более подробном рассмотрении можно найти ugene_name или ugene_group

Это потому что в формате GenBank нет таких  features key ("Cas9_px330_263_" или "sequencing_primers").

Эх, ясно... Странно, что есть такое ограничение в формате. Но почему имя тогда записывается как ugene_name, а не как label, к примеру, что более принято?

Где принято?  :)

Вот, кстати, как по той ссылки, которую я выше приводила:

Code:

Feature Key           misc_feature Definition            region of biological interest which cannot be described                       by any other feature key; a new or rare feature; Optional qualifiers   /allele="text"                       /citation=[number]                       /db_xref="<database>:<identifier>"                       /experiment="[CATEGORY:]text"                       /function="text"                       /gene="text"                       /gene_synonym="text"                       /inference="[CATEGORY:]TYPE[ (same species)][:EVIDENCE_BASIS]"                       /locus_tag="text" (single token)                       /map="text"                       /note="text"                       /number=unquoted text (single token)                       /old_locus_tag="text" (single token)                       /phenotype="text"                       /product="text"                       /pseudo                       /pseudogene="TYPE"                       /standard_name="text" Comment               this key should not be used when the need is merely to                       mark a region in order to comment on it or to use it in                       another feature's location

Не знаю, где принято - это встречается в разных файлах, которые ко мне попадают :) Сложно как-то в этом разобраться оказывается...