UGENE Forum
https://forum.ugene.net/forum/YaBB.pl
General Category >> Forum in Russian language ([ch1056][ch1091][ch1089][ch1089][ch1082][ch1086][ch1103][ch1079][ch1099][ch1095][ch1085][ch1099][ch1081] [ch1092][ch1086][ch1088][ch1091][ch1084]) >> Как узнать сколько раз повтор встречается в последовательности?
https://forum.ugene.net/forum/YaBB.pl?num=1376560704

Message started by Olesya on Aug 15th, 2013 at 4:58pm

Title: Как узнать сколько раз повтор встречается в последовательности?
Post by Olesya on Aug 15th, 2013 at 4:58pm
Добрый день.

Я новичок в пользовании программой.
При поиске повторов в последовательности, программа выдает мне список повторов парами и расстояние между ними. А как узнать, сколько раз данный повтор встречается в последовательности? Ведь больше двух раз во многих случаях. И, может быть, есть кнопка "перейти к следующей", и программа переносила бы курсор на следующий кусок, где есть эта последовательность. Помогите, пожалуйста.

Второй вопрос. В верхнем окне слева названия строчек unit1-unit30. И какие-то из повторов есть в каждой строчке, какие-то только в нижней.. Что это значит

Очень надеюсь на помощь! Вопросы вроде бы ерундовые, но ни изучение форума, ни мануала не помогло.

Title: Re: Как узнать сколько раз повтор встречается в последовательности?
Post by Yuriy Vaskin on Aug 19th, 2013 at 2:22pm
Здравствуйте!

Кнопку "Перейти к следующей" мы запланировали на следующий крупный релиз (https://ugene.unipro.ru/tracker/browse/UGENE-1983).

К сожалению, по аннотациям повторов, UGENE не может показать сколько раз данный повтор встречается на последовательности. Вы можете попробовать воспользоваться поиском тандемных повторов для этого: сколько раз данная последовательность встречается 2, 3, 4, ... раз.

Для навигации по повторам попробоуйте воспользоваться изменением размера области аннотаций и нажатием на концы повтором (рисунок вложен).

В окне с unit1-unit30 программа пытается расположить аннотации на  самю нижнюю строчку, если не получается, то она пользуется строчкой выше. Особого биологического смысла тут нет.

Если у вас есть еще вопросы, пожалуйста, пишите.


repeats1.jpg (200 KB | )

UGENE Forum » Powered by YaBB 2.5 AE!
YaBB Forum Software © 2000-2010. All Rights Reserved.