Ранее проблема не наблюдалась и вот. При запуске рисуется окошко и тут же падает с выдачей в консоль следующего -

X server found. dri2 connection failed!
Trying to open directly...Device open failed

Пробовал ставить ugene разных версий, в том числе и собирать самостоятельно.
Установлен проприетарный драйвер nvidia версии 319.17 из репозитория. Система - Debian Sid amd64.

PS

$glxinfo | grep direct
direct rendering: Yes
   GL_EXT_Cg_shader, GL_EXT_depth_bounds_test, GL_EXT_direct_state_access,
$xdriinfo
libGL is too old.

Привет!

Какие измениния могли привести к появлению проблемы? Н-р , проблема появилась после переустановки ОС или обновления компонентов X11?  Как запускается программа: непосредственно на локальном компьютере или на удаленном сервере через XWindow?

Запускаются ли другие приложения на Qt? Можно проверить например демки из qtdemo, особенно те, что с использованием OpenGL.  

Есть подозрение что, используется старая версия библиотеки mesa либо видео драйвер некорректно установлен.

Konstantin Okonechnikov wrote on Jun 13^th, 2013 at 4:11am:

Какие измениния могли привести к появлению проблемы?

Единственное что могло повлиять:
update-alternatives --config glx (не работал pymol и заработал после выбора nvidia)
Там перепробовал все возможные варианты.

Сейчас удалил все пакеты драйвера и посавил его через инсталлятор с сайта nvidia (версия 319.23) - проблема сохранилась.


Konstantin Okonechnikov wrote on Jun 13^th, 2013 at 4:11am:

Как запускается программа: непосредственно на локальном компьютере или на удаленном сервере через XWindow?

Нет, непосредственно.


Konstantin Okonechnikov wrote on Jun 13^th, 2013 at 4:11am:

Запускаются ли другие приложения на Qt? Можно проверить например демки из qtdemo, особенно те, что с использованием OpenGL.

Все работает. Пробовал через qtconfig включать/выключать отрисовку через OpenGL - ноль эффекта.

Проблема решена установкой драйвера версии 304.88 Знать бы еще в чем причина...

Ок, хорошо, в этот раз повезло :) Такие баги на Линуксе обычно довольно сложно воспроизвести, слишком много факторов проявляется: железо, система, набор драйверов и системных пакетов...  

Konstantin Okonechnikov wrote on Jun 19^th, 2013 at 1:38pm:

Ок, хорошо, в этот раз повезло :) Такие баги на Линуксе обычно довольно сложно воспроизвести, слишком много факторов проявляется: железо, система, набор драйверов и системных пакетов...

Через некоторое время проблема появилась снова (после сегфолта при поиске по смиту-ватерману). Но заметил что на сборке без OpenCL проблемы нет. Методом тыка выяснил что виновата Intel OpenCL library (пакет beignet), которая была установлена вместе с nvidi'евской.