UGENE Forum

https://forum.ugene.net/forum/YaBB.pl
General Category >> Forum in Russian language ([ch1056][ch1091][ch1089][ch1089][ch1082][ch1086][ch1103][ch1079][ch1099][ch1095][ch1085][ch1099][ch1081] [ch1092][ch1086][ch1088][ch1091][ch1084]) >> Предсказание вторичной структуры
https://forum.ugene.net/forum/YaBB.pl?num=1362217082

Message started by SergeyJ on Mar 2^nd, 2013 at 4:38pm

Title: Предсказание вторичной структуры
Post by SergeyJ on Mar 2^nd, 2013 at 4:38pm

Хотел бы это попробовать использовать, но почему то у меня этот пункт в меню серый? Почему?

Title: Re: Предсказание вторичной структуры
Post by Konstantin Okonechnikov on Mar 3^rd, 2013 at 9:09pm

Предсказание вторичной структуры доступно в UGENE только для белковых последовательностей; для ДНК/РНК и поcледовательностей с неопределнным алфавитом этот пункт меню "отключен".

Title: Re: Предсказание вторичной структуры
Post by SergeyJ on Mar 4^th, 2013 at 2:56am

А для РНК у вас есть планы поддерживать предсказание вторичной структуры?

Title: Re: Предсказание вторичной структуры
Post by Konstantin Okonechnikov on Mar 4^th, 2013 at 4:38pm

Да, такие планы есть:
https://ugene.unipro.ru/tracker/browse/UGENE-647

Title: Re: Предсказание вторичной структуры
Post by SergeyJ on Mar 13^th, 2013 at 2:49pm

Есть такой http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAfold.cgi сервис, который достаточно точно предсказывает структуры. Кажется он основан на Vienna RNA Package - http://www.tbi.univie.ac.at/~ivo/RNA/

(тут краткое описание http://rna.tbi.univie.ac.at/help.html)

Думаю имеет смысл рассмотреть встраивание этого сервиса.