мне кажется, функционал VectorNTI, которым мы пока в основном пользуемся, очень удобным, и наверно, стоит этот функционал сохранить. Если алгоритм можно сделать лучше, то такие функции, как обозначенные ниже, тоже очень полезны:

1. перемещение последовательностей вверх-вниз, то есть изменение их порядка.

2. удаление последовательности уже в имеющемся выравнивании

3. export кроме fasta в другие форматы, тот же .aln или .msf (этот формат узнает GenDoc,  программа редактирования выравнивания, когда мне нужна картинка, я могу из него потом скопировать нужный мне участок например в metafile и уже потом работать в графическом редакторе).

4. редактирование последовательности с помощью перемещения определенного куска  в другое место (при выравнивании с короткими последовательностями (теми же праймерами), они часто выравниваются не корректно и поправить вручную бывает необходимо.

5. выравнивание определенного куска внутри имеющегося выравнивания (бывает мы ровняем mRNA и DNA и из-за больших пробелов-интронов приходится ровнять отдельными кусками), а также очень хорошо, если такой участок можно отдельным файлом сохранить (это уже когда надо края обрезать, например, там где недочитанные последовательности)

Еще у меня почему-то не получилось выровнять последовательности используя column range, ugene сказал :

[18:28]Информация Старт задачи {MUSCLE выравнивает 'D_genome_clones.aln'}
[18:28]Ошибки Задача {MUSCLE выравнивает 'D_genome_clones.aln'} завершена с ошибкой: Подзадача {Выравнивание MUSCLE} завершена с ошибкой: Внутренняя ошибка MUSCLE: Internal error, NWSmall: length=0

хотя нулевой длины там не было я перепробовала несколько вариантов, ответ один  :(  

1. Перемещение последовательностей мы обязательно добавим в 1.4.2. Подойдет ли версия когда последовательность двигается влево/право/вверх/вниз стрелками при зажатой Alt?

2. Удаление последовательности в уже имеющемся выравнивании уже есть : Edit -> Remove current sequence

3. Кроме Export есть еще и Save a copy.. Правда эта опция не позволяет сегодня менять формат. Мы улучшим экспорт чтобы позволять сохранять во все форматы которые есть в UGENE. Изначально предполагалось использовать Export для того, чтобы потом документ использовать в другой программе, а FASTA и CLUSTAL самые распространенные форматы.  MSF мы добавим в 1.5 (конец мая)

4. Пока можно только вставлять и удалять gaps  (Space/Del).
Как лучше организовать дополнительную возможность редактирования? Подойдет ли то что будет в пункте 1? На какие расстояния надо передвигать куски?

5. Сложное выделение и возможность "вырезания" кусков уже делаем. Будет в 1.4.2

6. Это оказалось серьезной проблемой. Возникает когда есть последовательность в которой есть только gaps внутри выделенного  региона - muscle код не умеет работать с такими регионами. Поправим как можно скорее.

1. наверно, хотя мышкой удобнее :)
2. ок
3. передвижение проще сделать возможным в пределах пустых позиций как в vectorNTI, иначе просто не получится придется сдвигать выравнивание и в других местах, а это уже сложнее.  
для этого лучше использовать функцию- re-alignment выбранного региона, только чтобы были возможности как оставить этот кусок в общем выравнивании так и предложение сохранить Re-alignment  в отдельном файле.

6. у меня была именно такая последовательность, там был праймер, он выровнялся 20 нуклеотидов, а остальное были gaps.

7. еще поиск по последовательности в выравнивании тоже нужен.
часто надо в длинном выравнивании найти определенное место, глазами просто невозможно.

8. удобно будет и если в выравнивании можно будет делать аннотации, хотя бы верхней последовательности или консенсуса, тогда праймер я могу не ровнять со всеми чтобы обнаружить его место, а просто проаннотировать. И тогда сразу увидеть полиморфизм остальных последовательностей в этом месте.

7. это я нашла, только он реагирует на большие буквы, если в выравнивании других не предусмотрено сделайте, пожалуйста, чтобы scale не важен был, так будет удобнее, хотя конечно не принципиально.

Kseniya wrote on Mar 26^th, 2009 at 5:40pm:

7. это я нашла, только он реагирует на большие буквы, если в выравнивании других не предусмотрено сделайте, пожалуйста, чтобы scale не важен был, так будет удобнее, хотя конечно не принципиально.

Да это еще один баг - починим как можно скорее

Kseniya wrote on Mar 26^th, 2009 at 5:29pm:

8. удобно будет и если в выравнивании можно будет делать аннотации, хотя бы верхней последовательности или консенсуса, тогда праймер я могу не ровнять со всеми чтобы обнаружить его место, а просто проаннотировать. И тогда сразу увидеть полиморфизм остальных последовательностей в этом месте.

Да это важная функция.
Сразу как закончим работу над сложным выделением внутри выравнивания - добавим поддержку аннотаций. Это тоже будет в 1.5

1. сделайте, пожалуйста, чтобы при редактировании можно было все вернуть назад, а то я нечаянно нажала "удалить все пропуски", а потом пришлось только все заново ровнять :(

2. и когда вставляется пропуск, то всегда после той буквы, которая выделена, и последовательность сдвигается вправо,  а как сделать чтобы вставлялся пропуск до буквы и последовательность сдвигалась влево?

можно ли где-то поменять настройки самого выравнивания?  как-то выставить относительно какой последовательности ровнять?
а то у меня последовательности разной длины и Muscle почти не ровняет концы, где уже остается по нескольку последовательностей из всей кучи (то есть если получается почти у всех уже gaps и остается штуки 3-5 у которых еще не кончилась длина, он их не ровняет, а надо  ::))
хотя надо отметить, по скорости гораздо быстрее clustal  8-)

Mikhail Fursov wrote on Mar 26^th, 2009 at 6:53pm:

Kseniya wrote on Mar 26th, 2009 at 5:40pm: 7. это я нашла, только он реагирует на большие буквы, если в выравнивании других не предусмотрено сделайте, пожалуйста, чтобы scale не важен был, так будет удобнее, хотя конечно не принципиально. Да это еще один баг - починим как можно скорее

Поправлено в новой версии на сайте

Kseniya wrote on Mar 27^th, 2009 at 3:14pm:

можно ли где-то поменять настройки самого выравнивания?  как-то выставить относительно какой последовательности ровнять? а то у меня последовательности разной длины и Muscle почти не ровняет концы, где уже остается по нескольку

Тут можно попробовать сделать так:
1) Создать alignment из "правильных" последовательностей - выровнять их.
2) Создать fasta файл из "неправильных"
3) Добавить их в alignment при помощи "Выровнять" -> "Выровнять с доп последовательностями"

при этом гарантировано что изначальный alignment не будет испорчен, в него могут быть только вставлены столбцы пропусков.

Последовательности из 2) "прилипнут" к основному alignment теми местами, которые наиболее "похожи" на alignment 1)

Kseniya wrote on Mar 27^th, 2009 at 3:01pm:

1. сделайте, пожалуйста, чтобы при редактировании можно было все вернуть назад, а то я нечаянно нажала "удалить все пропуски", а потом пришлось только все заново ровнять :(

Undo мы пока не поддерживаем. Как вариант может помочь следующее
1) Закрыть alignment editor
2) Для файла с выравниванием выбрать "Выгрузить"->"Не сохранять изменения"
3) Опять его загрузить (double-click)


Kseniya wrote on Mar 27^th, 2009 at 3:01pm:

1. 2. и когда вставляется пропуск, то всегда после той буквы, которая выделена, и последовательность сдвигается вправо,  а как сделать чтобы вставлялся пропуск до буквы и последовательность сдвигалась влево?

Тут я как понимаю проблема в следующем: нужно чтобы при вставке пропуска в 1 последовательность позиция курсора оставалась на месте? Это значит что все остальные строки должны смещаться влево. Это пока нет, но думаю мы можем это добавить, например с кнопкой Alt или Shift.
Записали в feature-requests.