В сравнении с нашими стандартными программами chromas, FinchTV (которую советуют сотрудники центра сиквенирования )
очень удобно, что можно выделенный  район проанализировать, копировать и экспортировать в fasta формат, а не всю сразу последовательность как в chromas, мне кажется - это принципиально положительно отличие.

но у меня есть два предложения или замечания:

1. Это необходимость добавить возможность замены букв и их установки вручную над каждым пиком (часто компьютер при сиквенировании ставит N, там где 100% понятно какая буква, мы глазами это видим и удобнее поменять букву перед тем как экспортировать)

2. разрешение .ab как говорят в центре, несет еще информацию о quality каждого пика, и программа FinchTV это отображает, тогда как обычный сhromas  - нет, на самом деле, мы не пользуемся этой характеристикой, но если вы сможете ее отображать будет полезно.

1. Возможность замены есть, просто замены делаются не в оригинальной последовательности из файла с хромотограммой, а в клоне. Чтобы создать клон надо выбрать "Edit new sequence" из попап-меню над визуализацией хромотограммы. Эта новая sequence будет сохраняться в отдельный fasta файл.

Есть ли необходимость модифицировать последовательность в файле с оригинальной хромотограмой?


2. Можно ли получить .ab файл,  где есть эти данные и мы их не отображаем? На FinchTV мы пока не смотрели, только на Chromas.

a) на самом деле, необходимость модифицировать последовательность в оригинальном файле с пиками есть, ведь там все наглядно, а в клоне в faste мне еще нужно найти именно то место, где я должна заменить букву (если клон будет открываться с пиками, то проблем нет).  Мне  кажется, эту функцию chromas лучше не терять, потому что то что проставил компьютер автоматом не всегда правильно.

b) файл .ab1 это стандартный файл, который нам присылает центр (я пошлю один по e.mail)  FinchTV лежит у них на сайте в свободном доступе http://sequest.niboch.nsc.ru/user.html.
Сейчас у них есть еще одна новая программа Peak Scanner, но я пока с ней не работала.

---

не получилось прикрепить файл .ab1, так как расширение не удовлетворяло условиям форума, но потом я почему-то не смогла удалить attachment, была возможность только выбрать другой. Поэтому sorry за неправильный файл. Но как же все-таки убрать неправильный attachment?

Я убрал ограничение на типы файлов - можно попробовать добавить attachment еще раз

Kseniya wrote on Mar 23^rd, 2009 at 7:02pm:

a) на самом деле, необходимость модифицировать последовательность в оригинальном файле с пиками есть, ведь там все наглядно, а в клоне в faste мне еще нужно найти именно то место, где я должна заменить букву (если клон будет открываться с пиками, то проблем нет).  Мне  кажется, эту функцию chromas лучше не терять, потому что то что проставил компьютер автоматом не всегда правильно.

Редактировать FASTA файл можно в контексте хроматограммы.
Пример тут на 2 скриншоте: http://ugene.unipro.ru/plugin_chromaview.html

Та последовательность что сверху и есть редактируемая FASTA.

Kseniya wrote on Mar 23^rd, 2009 at 5:19pm:

2. разрешение .ab как говорят в центре, несет еще информацию о quality каждого пика, и программа FinchTV это отображает, тогда как обычный сhromas  - нет, на самом деле, мы не пользуемся этой характеристикой, но если вы сможете ее отображать будет полезно.

На самом деле отображение Quality Values было принудительно выключено для ABI файлов - по причине якобы низкой их достоверности :D (Где-то в Интернет попадались жалобы на формат ABIF и рекомендации переходить на SCF).
Я включил их обратно для версии 1.4.1 - возможно потом надо добавить переключатель для контроля пользователями :-?

в Америке нам присылали файлы с разрешениями .phd .scf и ab1,  и предлагали ту же FinchTV для просмотра. В нашем центре присылают только файлы .ab1, хотя наверно, если попросить отдадут все, какой у них принцип выбора формата я не знаю.
Насколько нужны пользователю Quality Value он сам решит, мы обходимся без них, так как ошибки сиквенса возникают на разных этапах и полагаться только на Quality Value смысла особого не имеет. А вот сделать возможным открывать все форматы будет хорошо  :)
И чем собственно они отличаются? :-/

сами файлы .phd .scf  (.ab1 больше 250 кб)

---

Редактировать FASTA файл можно в контексте хроматограммы.
Пример тут на 2 скриншоте: http://ugene.unipro.ru/plugin_chromaview.html

Та последовательность что сверху и есть редактируемая FASTA.

да... не тривиально все оказалось :P, может, просто потому что с обычным chromas привыкла работать.
Я разобралась. Но одна проблема осталась:
как сохранить уже в открытом и измененном клоне (faste) определенный кусок, а не всю сразу последовательность? когда я начинаю выделять, выделяется кусок оригинальной последовательности, а мне нужен кусок верхней последовательности (клона)?

Kseniya wrote on Mar 24^th, 2009 at 3:14pm:

в Насколько нужны пользователю Quality Value он сам решит, мы обходимся без них, так как ошибки сиквенса возникают на разных этапах и полагаться только на Quality Value смысла особого не имеет. А вот сделать возможным открывать все форматы будет хорошо  :)

Ага, отныне так и будет - добавил переключатель "Показывать QV" в контекстное меню.


Quote:

И чем собственно они отличаются? :-/

Формат ABI отличается тем, что base calls и quality values хранятся раздельными массивами и поэтому возможна их рассинхронизация или даже полное несоответствие (как результат ошибок в программах или прошивках лабораторных машин).
Этот недостаток исправлен в SCF.

Формат PHD раньше не попадал нам в поле зрения, насколько я понял это результат облагораживания "сырых" хроматограмм программой phred, которая пересчитывает quality values, разделяет двойные пики и тп.
Возможно в одной из следующих версий добавим такой функционал - как часть поддержки ассемблирования.
Если понадобится просто читать и показывать PHD файлы, пишите нам запрос  8-)

Kseniya wrote on Mar 24^th, 2009 at 4:39pm:

как сохранить уже в открытом и измененном клоне (faste) определенный кусок, а не всю сразу последовательность? когда я начинаю выделять, выделяется кусок оригинальной последовательности, а мне нужен кусок верхней последовательности (клона)?

Добавим такую опцию в следующей версии, в эту уже не успели.

Как временное решение, можно пометить выделенный кусок как аннотацию, открыть редактируемую последовательность в другом окне и присоединить к нему эту аннотацию (бросить мышкой объект аннотации из дерева проекта на окно последовательности). Далее можно копировать как обычно  ;D

а как сделать комплиментарной хроматограмму и последовательность с пиками (которая сверху пишется)? мы их часто в chromas переворачиваем, когда прочитано с разных концов.

Это мы не предусмотрели :-?
Надо добавить...

Alexey Varlamov wrote on Mar 26^th, 2009 at 6:59pm:

Это мы не предусмотрели :-? Надо добавить...

Думаю это простол добавить если при загрузке любого файла с хроматограмой добавить опцию - комплементировать последовательность