1. Возможен ли поиск сразу по всем моделям? И тогда удобнее, если найденные районы (аннотации) будут группироваться по моделям.

2. Удобнее было бы, если бы у каждой модели была ссылка сразу в базу данных или хотя бы некоторая информация о конкретной группе транскрипционных факторов.

3. Когда выбираешь модель, автоматически проставляется какая-то допустимая ошибка по умолчанию и для всех моделей разная. Это основано на чем-то научном или просто случайно?

спасибо за ответы. :-?

1. Такой функционал существует в дизайнере схем, прилагаю пример - нужно только задать все адреса: входную последовательность, список моделей и выходной файл Генбанк. (Правда группировать по моделям пока не получится.)
В обычный диалог поддержку многих моделей добавлять не планировали.
2. Согласен, мы уже обратились к автору алгоритма с просьбой предоставить дополнительную информацию по моделям.
3. Упрощая, сейчас это минимальная рекомендуемая ошибка для данной модели (ошибка I рода >=0.75). Предполагается, что в будущем модели будут указывать оптимальную оценку.

Спасибо за интерес к программе  :)

---