В тьюториале metagenomic-classification-with-kraken/  приведено подробное описание испльзования Kraken для метагеномной классификации, начиная с инсталяции Ugene, однако я скачиваю и ставлю Ugene на винде и на линуксе и там вовсе не выдается в начале диалога по установке элементов, а после инсталляции схемы с Kraken и какого либо упоминания о нем нет вовсе
Возможно его можно как то добавить в качестве модуля теперь после интсалляции, но с этим тоже не могу разобраться. Странно , что программа обновляется, а документация - нет

Кстати говоря, при установке в Линукс даже не выдается выбора по языку установки

Подскажите пожалуйста как нужные элементы доустановить

Добрый день,

Функции анализа метагеномных данных были убраны из UGENE всвязи с их низкой востреборвательностью. В данный момет мы рассматриваем возвращение в UGENE функции классификации метагеномных данных с помощью Kraken2 (обновленая версия Kraken, используемого ранее), однако, данная функция на данный момент еще в процессе разработки.

Если вы хотите использовать Kraken (а так же CLARK, DIAMOND и т.д.), то для этого вы можее установить UGENE v33, скачав его с официального сайта https://ugene.net/download-all.html (внизу страницы). Там же есть ссылки на скачивание различных баз данных, которые вам необходимо будет развернуть по определенным путям вутри директории UGENE (по каким именно вы можете почитать это странице документации: https://doc.ugene.net/wiki/display/UUOUMF34/Configure+Data+for+Metagenomics+Classification если будет что-то не онятно, на напишите и я разьясню).

Что ксается документации - актуальная документация UGENE находится тут: https://doc.ugene.net/wiki/display/UM/Unipro+UGENE+User+Manual Она регулярно обновляется и не содержит устаревших данных. Я подозреваю, что вы открыли документацию более ранней версии (раньше у нас была практика создавать на каждую версю UGENE отдельный инстанс документации, привязывая его к версии, в итоге, мы отказались от этой практики как раз из-за того, что пользователи путались в версиях). В левом верхнем углу (либо в пути, который прописан в браузере) вы можете посмотреть версию документации, которую используете. Например, чут выше есть ссылка на документацию к UGENE версии 34.

Касательно установки - в данный момент, UGENE на Linux устанавливается из архива, т.е. его нужно просто распаковать. Соответственно, язык в процессе установки не выбирается в принципе. Язык приложения по молчанию выбирается как в операционной системе. Вручную его можно сменить в настройках приложения.

С уважнием,
Сухомлинов Дмитрий,
Команда UGENE.
Поддержите нас: https://patreon.com/uniprougene https://boosty.to/ugene